Nsengimana was in 1994, tijdens de genocide in Rwanda, rector van het prestigieuze katholieke gymnasium Christ–Roi in Nyanza. Volgens de aanklagers zou hij de spil zijn geweest van een groep Hutu’s die het afslachten van Tutsi’s plande. Volgens de aanklacht was Nsengimana verantwoordelijk voor de dood van een aantal Tutsi–priesters, een rechter en tal van andere Tutsi’s.Nsengimana werd in maart 2002 opgepakt in Kameroen en zat sindsdien vast. De rechters gelastten dinsdag zijn onmiddellijke vrijlating. Tijdens de genocide in Rwanda werden 800.000 á 1 miljoen Tutsi’s en gematigde Hutu’s met kapmessen in stukken gehakt of anderszins vermoord door radicale Hutu’s.