De speciale beschermingszones, de zogenaamde habitatgebieden, beslaan in Nederland bijna 742.000 hectare, bijna een kwart van de totale landoppervlakte. Het grootste gedeelte bestaat uit watergebieden zoals de Waddenzee, de Westerschelde en de stroomdalen van rivieren en beken als de IJssel en de Drentse Aa.

Gebieden die in aanmerking komen om opgenomen te worden in Natura 2000 verdienen volgens de Europese richtlijnen bijzondere bescherming, bijvoorbeeld omdat er een zeldzaam diertje als de noordse woelmuis of de zeggekorfslak leeft. De meeste natuurgebieden die voor Natura 2000 in aanmerking komen, vallen samen met het Nederlandse natuurnetwerk de Ecologische Hoofdstructuur, alsmede gebieden die al onder de Vogelrichtlijn vallen.

In de habitatgebieden mogen nog steeds economische activiteiten plaatsvinden. Het ’bestaand gebruik’ van het land door boeren of campinghouders mag doorgaan, maar bij uitbreiding of verandering van de activiteit zal gekeken worden of dit niet schadelijk is voor de natuur.

Er wordt dan afgewogen of er dwingende redenen van openbaar belang zijn, zoals havenuitbreiding in Rotterdam, of dat de natuur elders gecompenseerd kan worden. Mocht dit niet zo zijn, dan geeft het Rijk geen toestemming meer voor uitbreiding of verandering van bijvoorbeeld een boerenbedrijf.

Agrarische belangenbehartiger LTO Nederland is van mening dat de aanwijzing van de habitatgebieden te eenzijdig op ecologische grondslag gebaseerd is. „Minister Veerman zegt wel dat 90 procent van de bedrijven rond de aangewezen gebieden geen economische gevolgen zal ondervinden, maar het ministerie stelt niet duidelijk wat voor gevolgen er zijn voor de overblijvende 10 procent”, aldus J. Roemaat, LTO-bestuurder faunabeleid.

Roemaat vindt het dan ook vreemd dat betrokkenen wel een maand lang kunnen reageren op de lijst van habitatgebieden, maar niet weten waarop ze dan precies reageren.

Over een maand zal de inspraakprocedure sluiten en neemt de ministerraad een besluit over de definitieve lijst. Vervolgens beoordeelt de Europese Commissie het Nederlandse voorstel voor Natura 2000. Pas daarna kan er officieel beroep en bezwaar worden ingediend.

Het Europese natuurnetwerk Natura 2000 is het grootste initiatief op het gebied van natuurbescherming in Europa. Om de planten- en diersoorten in Europa te behouden en herstellen, zijn de Vogelrichtlijn en Habitatrichtlijn gemaakt. Hierin zijn regels en criteria vastgelegd over hoe de Europese lidstaten hun natuur moeten beschermen.