De VN–aanklagers betichten Ngirabatware van een sleutelrol bij de planning van de genocide, die aan honderdduizenden Tutsi’s het leven heeft gekost. Hij zou op diverse vergaderingen hebben gezegd dat geen enkele Tutsi gespaard mocht blijven. Ook zou hij in zijn rol als minister van Planning geld van donoren als VS, België en Wereldbank aan de Interahamwe hebben gegeven, de Hutu–militie die Tutsi’s met kapmessen in stukken hakte.Ngirabatware is de schoonzoon van Félicien Kabuga, de meest gezochte voortvluchtige verdachte van het VN–hof in het Tanzaniaanse Arusha. Kabuga wordt beschouwd als de financier van de genocide.