Zo adviseerde het ministerie om bij contracten met aannemers te kiezen voor zogeheten publiek–private samenwerking, zodat ook de betrokken bedrijven een deel van de risico’s op zich zouden nemen. Ook kon Amsterdam volgens Netelenbos beter enkele jaren wachten met de aanleg, want wegens de vele grote infrastructurele projecten van het Rijk die al in gang waren, konden leveranciers van producten en aannemers overal hoge prijzen vragen.Netelenbos noemde het „ontzettend onverstandig” dat Amsterdam deze adviezen niet opvolgde. „Ik heb nooit begrepen waarom Amsterdam geen publiek–private samenwerking wilde”. Ook negeerde Amsterdam volgens haar het advies om met een klein aantal aannemers te werken om kosten te besparen.

Amsterdam meldde zich in 1998 bij het Rijk voor een financiële bijdrage aan de metrolijn. Het kabinet gaf uiteindelijk een vast bedrag van 1,1 miljard euro aan subsidie, waarbij alle risico’s voor de hoofdstad zouden zijn. Amsterdam zou dan ruim 300 miljoen euro kwijt zijn, waarmee de totale kosten 1,4 miljard euro zouden bedragen. De bijdrage van de gemeente is inmiddels fors opgelopen.

Netelenbos legde woensdag uit dat de, voor die tijd ongebruikelijke, van tevoren vastgestelde bijdrage van het Rijk nodig was omdat haar voorgangers als minister bij te veel infrastructurele projecten geld hadden toegezegd. Bovendien wilde Amsterdam het megaproject zelf besturen. „En het zou niet werken als het Rijk dan moest betalen bij overschrijdingen”.

Bij Netelenbos bestond ten tijde van het besluit om subsidie te geven de indruk dat Amsterdam de geraamde kosten voor het project bewust laag hield, om kritische Kamerleden zover te krijgen in te stemmen met het project. Amsterdam probeerde daarom aanvankelijk de totale begroting onder de 2 miljard gulden (omgerekend ruim 900 miljoen euro) te houden, aldus Netelenbos. „Onze conclusie was dat het voor dit bedrag kon, mits men goed op een aantal zaken zou letten”.