Hij kreeg de post van parlementsvoorzitter in februari 2006 nadat Hamas de parlementsverkiezingen met overmacht had gewonnen. Een half jaar arresteerden Israëlische militairen hem tijdens een tegen Hamas gerichte actie op de Westelijke Jordaanoever.Dat gebeurde nadat Palestijnen de Israëlische militair Gilad Shalit gevangen hadden genomen. Israël arresteerde destijds meer dan zestig gekozen functionarissen onder wie een derde van het Palestijnse kabinet en meer dan 25 parlementariërs. Nog zeker 35 van hen zitten in de gevangenis.

Een militaire rechtbank veroordeelde Dweik in december vorig jaar tot drie jaar cel omdat hij lid zou zijn van een illegale organisatie.