Fahner was verbonden als docent Nieuwe Testament aan de Christelijke Hogeschool Ede (CHE) en de Cursus Godsdienstonderwijs van de Gereformeerde Gemeenten. CHE-directeur drs. M. Burggraaf noemt hem een principieel man, met wie het door zijn irenische instelling goed samenwerken was. „Zijn overlijden betekent een groot verlies voor onze school. Hij is zo’n 27 à 28 jaar aan de CHE, met name aan de voorlopers ervan, verbonden geweest. Fahner was breed inzetbaar, dat was kenmerkend voor hem. Bij alle opleidingen heeft hij wel onderdelen gedaan. Hij gold als toonaangevend onderzoeker op het gebied van het nieuwtestamentisch Grieks. Hij was een erudiet docent, die met een sterk wetenschappelijke interesse zijn werk heeft gedaan, in grote loyaliteit aan de hogeschool. Hij bleef tot het eind toe betrokken.”

In juni vorig jaar werd Fahner benoemd tot gasthoogleraar Nieuwe Testament aan de Evangelische Theologische Faculteit (ETF) in het Belgische Heverlee. Fahner was verder ouderling van de gereformeerde gemeente in Arnhem en leverde bijdragen aan de zaterdagse column ”Welbeschouwd” in deze krant.

Fahner coördineerde het zogeheten Decotext-project voor het onderzoek van het Nieuwe Testament, dat is ondergebracht in het Dialektos Instituut van de CHE. Het in 1996 gereedgekomen project geeft de Griekse tekst van het Nieuwe Testament in een voor iedereen leesbare annotatie weer, inclusief de betekenissen van de verschillende woorden. Ook was hij betrokken bij Studiegezelschap van Evangelisch Oud- en Nieuwtestamentici (SEON).

Als nieuwtestamenticus hield hij zich bezig met het harmonie-vraagstuk van de vier evangeliën. Van zijn ”Synopsis van de vier evangeliën” (1981) kwam enkele jaren geleden een herziene uitgave uit. Zijn interesse bewoog zich verder op de terreinen cultuur en religie, theologie en zending.

Oorspronkelijk lag zijn specialiteit op het gebied van de taalkunde en de culturele antropologie. In dat kader verbleef hij enkele jaren op Irian Jaya, in dienst van de Zending Gereformeerde Gemeenten (ZGG). Ds. J. J. van Eckeveld, voorzitter van het deputaatschap voor de zending: „Bij dr. Fahner denken we in de eerste plaats aan het feit dat hij de Jali-bijbel tot stand heeft gebracht in de jaren zeventig, een belangrijk stuk werk voor de kerk van Papoea (Irian Jaya). God gebruikte hem als middel om hun Zijn Woord in hun eigen taal te geven. Dr. Fahner was nu weer bezig met een herziening van die Bijbel, maar heeft deze niet kunnen voltooien. Verder is hij tot op het laatst beziggeweest met de toerusting van zendingsarbeiders.”

Fahner werd regelmatig gevraagd voor het houden van een lezing. Tot zijn meer dan honderd publicaties behoort een vertaling van de Kerkgeschiedenis van Eusebius (2000).