Het IR treedt als coördinator op, maar wil het geheel laten uitvoeren onder leiding van een commissie die bestaat uit vertegenwoordigers uit verschillende disciplines, ongeacht politieke of kerkelijke achtergrond. Er komt een „curatorium” waarin vertegenwoordigers uit kerk en samenleving plaatsnemen, en ook een wetenschappelijke adviesraad met leden uit verschillende faculteiten en organisaties.Een kerngroep onder leiding van prof. Selderhuis werkt momenteel aan de bemensing en de nadere invulling van het project – waarvan Karla Apperloo-Boersma leider is. Naast prof. Selderhuis en Karla Apperloo zijn lid van de kerngroep prof. dr. Wim Janse (VU Amsterdam), prof. dr. Roel Kuiper (onder andere lid van de Eerste Kamer voor de ChristenUnie), prof. dr. Guido Marnef (Universiteit Antwerpen) en dr. A. J. Plaisier (scriba van de Protestantse Kerk in Nederland).

Refo 500 voorziet ook in activiteiten rond ‘jubilea’ die aan 2017 voorafgaan, waaronder dat van de Nederlandse Geloofsbelijdenis (2011) en de Heidelberger Catechismus (2013).

Doet de term ”Refo” misschien toch niet meer denken aan de zogenoemde bevindelijk gereformeerden, ook wel aangeduid als refo’s? Prof. Selderhuis, desgevraagd: „Ik besef zeer wel dat het begrip refo nogal eens voor een bepaalde, overigens niet gedefinieerde bevolkingsgroep enzovoort gebruikt wordt. Onze keuze heeft echter te maken met het feit dat we reformatie500 te lang vonden en refo500 goed in het gehoor ligt en herkenbaar is. Bovendien is het in vele talen onvertaald te gebruiken.”

Ook in Duitsland wordt het Reformatiejubileumjaar 2017 al voorbereid. Op 31 oktober 1517 publiceerde de Wittenberger monnik Maarten Luther zijn 95 stellingen, waarmee hij het begin van de Reformatie inluidde. Met ‘Duitsland’ zijn er „wel persoonlijke connecties, maar nog geen organisatorische”, aldus prof. Selderhuis.