Schepen nemen ballastwater in om stabiliteit en diepgang te waarborgen na het lossen van de lading. Het schip vaart met het water naar een volgende haven om een nieuwe lading op te halen. In die haven lost het schip het ballastwater, maar daarmee komen ook allerlei organismen als algen, bacterieën, plankton en larven in zee terecht. Dat kan ziekten verspreiden en grote schade aanrichten.In 2004 is het Ballastwaterverdrag gesloten, dat voorschrijft dat tussen 2009 en 2016 ballastwater in alle schepen behandeld moet zijn, zodat zo goed als alle organismen in het water dood zijn. Op Texel gaat het NIOZ biologische tests op inmiddels gebouwde systemen loslaten om te zien of ze het ballastwater werkelijk schoonmaken. In de toekomst krijgen havenautoriteiten testapparatuur in huis, waarmee ze snel kunnen vaststellen of schepen schoon water lozen.

Door ballastwater is in het verleden cholera van India naar Peru gebracht. De Amerikaanse ribkwal, die tegenwoordig volop in de Waddenzee wordt gesignaleerd, heeft de visserij in de Zwarte Zee geruïneerd omdat hij alle voedsel van de vissen opat. Ook de Chinese wolhandkrab en de zwaardschede, die zich explosief vermeerderen in Nederlandse wateren, kwamen met schepen mee.

Een gemiddelde tanker heeft zo’n 100.000 liter ballastwater aan boord. Schoonmaken van dat water is dus een enorm karwei, dat toch vlot moet verlopen. Het NIOZ werkt daarom met wetenschappers, havens, industrie en milieuorganisaties samen in een Europees Noordzeeproject, het North Sea Ballast Water Opportunity (NSBWO). Aan dit door de EU gesubsidieerde project doen alle Noordzeelanden mee. Het is de bedoeling dat het NSBWO een wereldwijd voorbeeldproject wordt.