De onderzoekers wezen de falende vleugelkleppen aan als mogelijke hoofdoorzaak, maar stelden dat de piloten misschien niet van het probleem wisten door een falend alarm. Zij hoedden zich voor een definitieve conclusie. Spanair weigerde commentaar.Uit het onderzoek bleek dat de vleugelkleppen tijdens de start niet werden uitgeschoven. Sensoren die de beweging van de kleppen registreren, gaven nul graden aan. In zo’n geval behoort in de cockpit een alarm af te gaan. De piloten wisten van niets doordat er nooit een alarmsignaal klonk.

Er is verder onderzoek nodig van een weigerende temperatuurmeter buiten de cockpit, aldus de onderzoekers. Het probleem dwong de piloten een eerste startpoging af te breken. Spanair sprak na het ongeluk van een klein technisch mankement, dat kon worden opgelost door de meter uit te schakelen. De uitschakeling van de meter kan er evenwel toe hebben geleid dat ook het cockpitalarm werd uitgeschakeld, stellen de onderzoekers.

Uit de zwarte doos van het toestel, een MD-82, is gebleken dat de geluidsrecorder van de cockpit nooit enig alarmsignaal registreerde. De onderzoekers wijzen op een soortgelijk incident dat zich in 1987 voordeed met een MD82-crash in Detroit. Toen vonden eveneens 154 mensen de dood. McDonnel Douglas waarschuwde destijds om voor iedere start van een MD-82 het alarmsysteem te controleren.