De twee verdachten, Boualem Bensaid en Smain Ait Ali Belkacem, zitten al gevangenisstraffen uit in Frankrijk. In september 1999 werden zij tot tien jaar cel veroordeeld wegens banden met een terroristische organisatie. Bensaid werd in november 2000 bovendien al tot dertig jaar cel veroordeeld voor een mislukte aanslag op een hogesnelheidstrein in 1995 en een schietpartij met veiligheidstroepen.

In het nieuwe proces werd Bensaid beschuldigd van het plaatsen van een bom in een metrotrein, die explodeerde op het station Saint-Michel in juli 1995. Daarbij vielen acht doden en ongeveer 150 gewonden. Ook werd hij beschuldigd van een aanslag op het station Maison Blanche in oktober van hetzelfde jaar, waarbij achttien mensen gewond raakten, en van medeplichtigheid aan een aanslag op station Musée d’Orsay enkele weken later.

Belkacem, die de bomexpert zou zijn geweest van de GIA, werd alleen aangeklaagd wegens het plegen van de aanslag op station Musée d’Orsay. Daarbij vielen 27 gewonden. De openbaar aanklager had voor beide verdachten levenslang geëist. De rechtbank nam de straf over, maar maakte wel de aantekening dat Bensaid slechts schuldig bevonden is aan medeplichtigheid aan de bomaanslag op station Saint-Michel, en niet aan het plaatsen van de bom.

Een derde verdachte, Rachid Ramda, werd in 1997 in Groot-Brittannië gearresteerd. Hij wordt er door de Franse justitie van verdacht de financiën van de groep in Parijs te hebben beheerd. Groot-Brittannië weigert Ramda echter uit te leveren. Vermoedelijk zal hij in Frankrijk bij verstek worden berecht. De GIA heeft de verantwoordelijkheid voor de aanslagen in Parijs opgeëist en verklaard dat ze vergeldingen waren voor de steun van de Franse regering aan de Algerijnse, die islamitische rebellen onderdrukte.