Het VN–hof in Den Haag klaagde de Bosnische Serf in 1999 aan wegens de belangrijke rol die hij zou hebben gespeeld bij de „etnische zuiveringen in het noordwesten van Bosnië in 1992. Duizenden moslims en Kroaten kwamen toen om het leven, tienduizenden werden verdreven.Zupljanin was als regionaal politiecommandant volgens de VN–aanklagers medeveranwoordelijk voor de campagne van etnische vervolging. In het gebied waar hij medeverantwoordelijkheid droeg, lagen de beruchte kampen Omarska, Keraterm en Trnopolje in het district Prijedor. In die kampen werd in 1992 gemoord, gemarteld en verkracht. Televisiebeelden van uitgehongerde gevangenen gingen de wereld rond en waren mede aanleiding voor de oprichting van het Joegoslavië–Tribunaal door de VN–Veiligheidsraad in 1993.

Hoofdaanklager Serge Brammertz van het tribunaal verwelkomde de arrestatie van Zupljanin. Volgens de Belg bevestigt deze ontwikkeling dat de voortvluchtige verdachten „binnen het bereik van de Servische autoriteiten zijn.

Het tribunaal is nu nog op zoek naar drie verdachten, allemaal etnische Serven: Radovan Karadzic, voormalig president van Republika Srpska, generaal Ratko Mladic, diens toenmalige legerleider, en oud–president Goran Hadzic van de Kroatische Serven. Karadzic en Mladic zijn de hoofdverdachten van de genocide van Srebrenica in 1995. De Nederlandse VN–militairen van Dutchbat konden toen de volkenmoord op duizenden moslimmannen en jongens niet voorkomen.

Minister Maxime Verhagen van Buitenlandse Zaken heeft verheugd gereageerd op het nieuws van de arrestatie van Zupljanin. „Dit bewijst dat het nodig is om te blijven aandringen op volledige samenwerking met het Joegoslavië–Tribunaal", zei de minister. Hij noemde de arrestatie een stap in de goede richting, maar stelde dat het nog te vroeg is om te zeggen dat er nu sprake is van volledige samenwerking met het Joegoslavië–Tribunaal.

De Europese Unie heeft die volledige samenwerking met het tribunaal als voorwaarde gesteld voor de inwerkingtreding van een samenwerkingsakkoord met Servië. Er waren de afgelopen maanden geregeld spanningen tussen Nederland en België enerzijds en een aantal andere EU–landen anderzijds, die zich wat soepeler willen opstellen wat de eisen aan Servië betreft.

EU–buitenlandcoördinator Javier Solana verwelkomde het nieuws van de arrestatie van Zupljanin eveneens. Als verdachten worden „opgepakt en voor een internationaal tribunaal worden gebracht, een eerlijk proces krijgen, dan is dat nuttig voor iedereen, aldus de Spanjaard.