Hoewel Brooks het leven ervan afbracht, gingen door de brand veel familiegegevens verloren. Zijn pastorie en bibliotheek gingen in vlammen op, evenals de twee kerken waaraan hij verbonden was. Zijn jeugd- en studiejaren blijven zodoende in nevelen gehuld.De geboorteplaats van Thomas Brooks is niet bekend. Wel weten we dat hij studeerde aan het bekende puriteinse Emmanuel College in Cambridge, waar hij zich op 7 juli 1625 liet inschrijven. Hij volgde colleges bij onder anderen professor David Masson en maakte kennis met de puritein John Preston, de rector van het college. Het is niet bekend wanneer hij afstudeerde, ook niet precies wanneer hij als ”prediker van het Evangelie” werd bevestigd.

A. B. Grosart, die zijn leven beschreven heeft, citeert een uitspraak van Brooks in een geschrift van 1653 dat hij „door de genadige ondersteuning van God het Evangelie meer dan deze dertien jaren in het openbaar” verkondigt. In ieder geval was hij in 1648 verbonden aan de kerk St. Thomas Apostle in de hoofdstad. Daarvoor was hij huispredikant van Rainsborough, admiraal van de vloot van het parlement, en daarna enige tijd veldpredikant van diens zoon, kolonel Thomas Rainsborough. Deze werd eind oktober op wrede wijze vermoord, waarop Brooks enkele weken later een rouwdienst leidde in de kerk van Wapping nabij Londen. In hetzelfde jaar hield hij een preek voor het Lagerhuis ter gelegenheid van een vastendag. Dit is een bewijs dat hij algemene bekendheid genoot. Twee jaar later werd hij weer uitgenodigd om voor het parlement te spreken.

Vastenpreken
Sinds 1640 werden bekende puriteinse predikanten door het Engelse parlement uitgenodigd om ”fast sermons” (vastenpreken) te houden, waarin vaak werd gerefereerd aan belangrijke gebeurtenissen. Na een jarenlang conflict met het regerende koningshuis, dat eindigde in de afzetting en terechtstelling van koning Karel I, kregen de puriteinen de gelegenheid om onder de bescherming van de hoge overheid de voortgaande hervorming van de staatskerk ter hand te nemen. De Assembly van Westminster, die in 1643 bijeengeroepen werd, moest vormgeven aan een nieuwe confessie en kerkorde.

Jammer genoeg werd de eenheid onder puriteinen verstoord door eindeloze discussies over de kerkregering. Thomas Brooks voelde zich het meest aangetrokken tot de visie van de independenten of congregationalisten, die tegenover het standpunt van de presbyterianen de absolute zelfstandigheid van de plaatselijke kerk voorstonden en elke vorm van opzicht daarover vanuit classes en synoden afwezen. In de kerk van St. Margaret’s in de Fish Street Hill in Londen, waaraan hij zich in 1653 verbond, leidde Brooks’ kerkelijke visie tot behoorlijke tegenstand. Hij wilde de gemeente zuiver houden door doop en avondmaal alleen open te stellen voor hen van wie zekerheid was van een godvrezende levenswandel. De zogenaamde ”malignants” (kwaadwilligen) waren hierover gebelgd en probeerden Brooks van de gemeente los te maken, waarin zij niet slaagden.

Great Ejection
De terugkeer van de verbannen koning Karel II naar Engeland in 1660 luidde voor de puriteinen, en dus ook voor Brooks, een moeilijke tijd in. Het herstel van de anglicaanse kerkvorm stelde hen voor een dilemma: zich conformeren aan de nieuwe regels vervat in de ”Act of Uniformity” of de kerk verlaten. Het jaar 1662 ging de geschiedenis in als het jaar van de ”Great Ejection” (de grote ambtsontzetting of uitwerping). Enkele duizenden predikanten preekten afscheid.

Een schets van de afscheidspreek van Brooks is bewaard gebleven onder de titel ”A Pastor’s Legacies” (de nalatenschap van de prediker). Het is een indringende boodschap die hij zijn gemeente voorhield, waarin hij een aantal vragen beantwoordde. De eerste vraag luidt: „Wat zou de reden kunnen zijn dat mensen het Evangelie zo tegenstaan als het gaat over de heldere, krachtige en gewetensvolle prediking daarvan?” Als antwoord geeft hij: „Omdat het hun verborgen werken van duisternis ontdekt. Zij haten het licht „opdat hun werken niet bestraft worden” (Joh. 3:20). Het Evangelie brengt hun daden van duisternis aan het licht en dit wekt een geest van haat en tegenstand tegen het Evangelie op.”

Ondanks de sombere ondertoon in deze preek bleef Brooks niet zonder hoop. Hij merkte daarover op: „Zou God het Evangelie uit Engeland wegnemen of niet? Velen vrezen dat, maar ik neem in alle nederigheid aan dat Hij dat niet doet.” Hij bewees dit met een aantal stellingen waaraan hij 27 raadgevingen toevoegt.

Oordelen
Kort na dit droevige gebeuren kwamen de grote „oordelen” over de trotse stad. Tenminste, zo beschouwde Brooks ”the Great Plague” en ”the Great Fire”. Zijn gedachten over de grote stadsbrand vinden wij in zijn ”London’s Lamentations” (Londens weeklachten), dat in 1670 van de pers kwam. Hoe hij over de pestepidemie dacht, was eerder verschenen onder de titel: ”An Heavenly Cordial for such as have had or escaped the Plague” (Een hemelse hartversterking voor hen die aan de Plague zijn ontkomen).

Uitgangspunt van de eerste verhandeling is Jesaja 42:24 en 25: „Wie heeft Jakob tot een plundering overgegeven, en Israël den rovers? Is het niet de HEERE, Hij, tegen Wien wij gezondigd hebben? Want zij wilden niet wandelen in Zijn wegen, en zij hoorden niet naar Zijn wet. Daarom heeft Hij over hen uitgestort de grimmigheid Zijns toorns en de macht des oorlogs; en Hij heeft ze rondom in vlam gezet, doch zij merken het niet; en Hij heeft ze in brand gestoken, doch zij nemen het niet ter harte.”

Brooks ziet de brand als een oordeel van God. Hij werkt dit uit vanuit de volgende stelling: „God is de auteur of de uitwerkende oorzaak van alle grote rampen en vreselijke oordelen die steden en landen worden opgelegd, in het bijzonder het oordeel van het vuur.” Hij brengt deze stelling vooral over op de actualiteit. Zonder iets te verbloemen noemt hij concrete zonden in Londen die volgens hem er de oorzaak van waren dat de stad door rampen getroffen werd. Gods bedoeling is om Londen tot bekering te bewegen. „…De laatste brand was een zwaar oordeel van God over de stad, ja over de gehele natie. Niet alleen goddeloze mensen maar ook kinderen van God werden hierdoor getroffen.” De bedoeling voor de ongelovigen is dat zij Gods „soevereiniteit mogen erkennen en mogen weten dat er een God is.” Vervolgens „dat zij mogen leren voor Hem te vrezen en te beven.” Zo noemt Brooks nog een aantal punten, zoals „om Zijn macht, rechtvaardigheid, toorn, strengheid en verontwaardiging tegenover zondaren en hun zondige wegen waardoor Hij vertoornd is, uit te drukken en bekend te maken.”

Zwarte Bartholomeüs
De ”Great Ejection” in 1662, ook wel de zwarte Bartholomeüs genoemd, naar de Parijse bloedbruiloft die op dezelfde datum (24 augustus) plaats vond, had verstrekkende gevolgen. Hoewel de overheid de „nonconformisten” de uitoefening van hun ambt ontzegde, gaven de meesten hieraan geen gehoor. Ook Brooks ging door met zijn bediening. Hij preekte in een gebouw in Moorfields in Londen.

In 1676 stierf zijn eerste vrouw, Martha Burgess. Zij was godvrezend, wat blijkt uit de rouwpreek van zijn vriend Collinges uit Norwich, die hij later, aangevuld met gegevens over haar geestelijk leven, liet uitgeven. Hij hertrouwde kort daarop met een jongere vrouw.

Op 27 september 1680 kwam zijn levenseinde. Zijn vriend John Reeve hield de rouwpreek. Hij memoreerde daarin enkele eigenschappen van de overledene, zoals dat hij „een persoon van een wonderlijk geduld was.” Zijn lichamelijke zwakheden die hij een lange tijd moest meedragen, ontlokten hem nooit een ongeduldige klacht. „Toen ik hem opzocht en hem vroeg hoe het ging, antwoordde hij: „Heel goed. Ik dank God dat het goed met mij gaat. Ik ben tevreden met de wil van mijn Vader. De wil van mijn Vader en mijn wil zijn dezelfde wil.” Zo ging hij heen.

In tegenstelling tot puriteinen als Richard Sibbes werden de meeste boeken van Thomas Brooks tijdens zijn leven uitgegeven. Het is een indrukwekkende rij die, gebundeld door A. B. Grosart, in 1866-67 in de bekende series van puriteinse schrijvers, de zogenaamde Nicholserie, in zes delen werd uitgegeven. Van deze serie verscheen in 1980 bij de uitgever uit Edinburgh, ”The Banner of Truth Trust”, een herdruk.

Bekende werken van Brooks zijn: ”Precious Remedies against Satan’s Devices” (Kostbare geneesmiddelen tegen de listen van satan), ”Unsearchable Riches of Christ” (Ondoorzoekelijke rijkdommen van Christus), ”London’s Lamentations” (Londens weeklachten) en ”The Mute Christian under the Smarting Rod” (De sprakeloze christen onder de smartelijke roede). Enkele boeken zijn in een Nederlandse vertaling verschenen, zoals de volgende titels: ”De zwijgende christen onder de slaande roede”, ”Gouden appelen in zilveren gebeelde schalen”, ”Kostbare middelen tegen Satans bedriegerijen” en ”De bekering en het sterfbed van Suzanna Bell”.