Voor Luther, die hem ”Docter Pommern” noemde, was Bugenhagen een persoonlijke zielszorger. Toen Luther hem eens zijn nood klaagde omdat het leek dat God toornig op hem was, antwoordde Bugenhagen: „Zo is het ook, God is toornig op u en zegt: Wat moet ik nu toch met deze mens beginnen. Ik heb hem zo grote en heerlijke gaven geschonken en toch twijfelt hij nog aan Mijn genade.”Johannes Bugenhagen werd op 24 juli 1485 in Wollin in het hertogdom Pommeren geboren. Zijn vader, Gerhard, was daar raadsheer. Op 17-jarige leeftijd was Johannes student aan de universiteit te Greifswald. Twee jaar later, in 1504, werd hij rector aan de academie te Treptow. De abt van het naburige klooster Belbruck benoemde Bugenhagen tot leermeester en geestelijk leidsman van de monniken. In 1509 liet hij zich wijden tot priester.

Onder invloed van Erasmus begon Bugenhagen de Bijbel te bestuderen. Hij maakte in die tijd kennis met de geschriften van Luther. Door diens publicatie ”Over de Babylonische gevangenschap der kerk” werd Bugenhagen voor de Reformatie gewonnen. Toen hij dit werk had gelezen, zei hij: „De gehele wereld is blind en in kommerlijke duisternis gehuld, deze man alleen ziet de waarheid.”

Hij wendde zich per brief tot Luther met de vraag hoe hij het zich moest voorstellen dat God rechtvaardig verklaart zonder te letten op onze werken, en dat anderzijds toch in de levenswijze van de christen goede werken noodzakelijk zijn. Luther antwoordde door hem een exemplaar te sturen van zíjn boekje ”Over de vrijheid van een christenmens”.

De relatie tussen Bugenhagen en de twee jaar oudere Luther was zo goed dat hij besloot in het voorjaar van 1521 naar Wittenberg te verhuizen. De persoonlijke kennismaking met Luther was hartelijk, maar van korte duur. Luther stond juist op het punt naar de rijksdag te Worms te vertrekken. Bugenhagen nam zijn intrek in het huis van Melanchthon en begon zich intensief in de geschriften van Luther en Melanchthon te verdiepen.

In maatschappelijk opzicht was het voor Bugenhagen een moeilijke tijd. Hij leefde te Wittenberg aanvankelijk ambteloos en dus zonder inkomsten. Dat veranderde toen hij het verzoek kreeg om aan de Wittenberger universiteit colleges te geven. Luther noemde hem zijn ”eerste professor naast Melanchthon”. Onder grote toeloop gaf hij zijn studenten colleges over de psalmen.

In 1522 trad Bugenhagen in het huwelijk met Walpurga Rörer. Uit dit huwelijk zijn vier kinderen geboren. In de herfst van 1523 werd Bugenhagen door de raad van Wittenberg tot prediker van de stadskerk benoemd. Hij heeft dit ambt tot het einde van zijn leven vervuld. In die hoedanigheid zegende hij op 13 juni 1525 het huwelijk in van Maarten Luther en Katharina von Bora.

Practicus
Bugenhagen heeft veel betekend voor de verbreiding van het reformatorisch gedachtegoed. Als practicus onder de hervormers heeft hij vooral op het gebied van de eredienst grote diensten bewezen. Zijn werkzaamheden kwamen niet alleen de plaatselijke gemeente Wittenberg ten goede. Zo hielp hij Luther bij de vertaling van de Bijbel en nam hij vaak voor hem waar op de kansel en achter de katheder.

Van 1528 tot 1533 leidde Bugenhagen de Reformatie te Brunswijk, Hamburg en Lübeck. Hij stelde een reeks van kerkorden op. In 1534 werd hij naar Pommeren geroepen om de kerk daar te reformeren. Hij bracht de vervallen universiteit van Greifswald weer tot bloei.

Van 1535 tot 1537 werkte hij weer in Wittenberg. Na het houden van een disputatie werd Bugenhagen door de keurvorst benoemd tot doctor in de theologie. Twee jaar later werd hij hoogleraar. Hij begeleidde Luther naar Schmalkalden en nam de hervormer, die toen ernstig ziek werd, de biecht af.

Een groot gedeelte van zijn tijd bracht Bugenhagen door in Noord-Duitsland en Denemarken, waar hij het kerkelijk leven en het onderwijs organiseerde. In Denemarken kroonde hij koning Christiaan III, ordende zeven superintendenten voor zeven bisschopszetels en doceerde aan de nieuw gestichte universiteit van Kopenhagen. In 1538 werd hij zelfs rector. Een bisdom, dat hem herhaalde malen werd aangeboden, wees hij van de hand.

Na zijn terugkeer in het vaderland hielp hij bij de revisie van de Duitse Bijbelvertaling. Spoedig daarna vertrok hij alweer uit Saksen naar Sleeswijk-Holstein, om ook daar voor de Reformatie werkzaam te zijn. In 1546 hield hij in de Wittenbergse slotkerk de grafrede na Luthers dood.

Bugenhagen overleed op 20 april 1558. Zijn grafsteen is te vinden in de stadskerk.

Kerkorde
Bugenhagen heeft verschillende kerkorden op zijn naam staan. Zo stelde hij onder andere de kerkorde op voor Brunswijk, Hamburg, Lübeck, Pommeren, Sleeswijk-Holstein en Denemarken. Met zijn reorganisatieactiviteiten legde hij een degelijke basis voor een verdere ontwikkeling voor tal van generaties. Een tijdgenoot heeft over hem gezegd: „Door toedoen van dr. Bugenhagen is de regering der kerk uitnemend aangepakt en ondernomen. Daardoor heeft hij kerken en landen voortreffelijk gediend, en daarvoor zeggen wij hem nog in het graf dank.”

In deze kerkorden werd gesproken over het predikambt. Er werd vastgesteld hoe vaak iedere week een kerkdienst moest worden gehouden, hoe met avondmaal, biecht, doop, huwelijksbevestiging gehandeld moest worden. Verder werd aangegeven waar de predikanten hun traktement vandaan moesten halen en hoe hoog dit moest zijn. Ook gaf hij aanwijzingen voor het schoolleven en voor de stichting van stedelijke wetenschappelijke bibliotheken. Uitvoerig werd ingegaan op het beheer van de financiën van de kerkelijke gemeenten. De schatkistbewaarders moesten nauwkeurig de geïnde gelden beheren en waren verantwoordelijk voor de bezoldiging van de predikanten en onderwijzers. Voor een armenkas werd zondags door de diakenen met het diaconiezakje geld ingezameld. Dit ambt werd bekleed door twee leden van de raad en zo’n vier aanzienlijke burgers van de stad. Voor het oog van de gemeente werd dit geld in een houten kist, die naast of achter het altaar stond, gestort. Ongeveer viermaal per jaar werd deze kist geopend. Dan vond de publieke uitdeling aan de armen plaats.

Eer
Bugenhagen heeft verschillende werken gepubliceerd. In 1526 verscheen ”Van het Christelijk geloof en de ware goede werken”. Hierin beschrijft hij wat het betekent om God de eer te geven: „Dat betekent God eren: alle eer aan onszelf en alle schepselen ontnemen en die alleen aan God geven. Hij roept ons tot aanzijn, Hij voedt ons, Hij onderhoudt en regeert hemel en aarde door het Woord Zijner kracht. Hij maakt ons ook zalig zonder toedoen uit genade, niet uit verdienste; want Hij wil niet hebben, dat wij ons in onze gedachten zullen beroemen, dat wij ook iets tot onze zaligheid hebben toegedaan. Hij wil de eer en de roem alleen hebben. Hij spreekt bij Jesaja aldus: „Mijn eer wil Ik aan geen ander geven.” De onvaste mensen in de wereld weten van zulk eren van God niet af; want zij weten niet, wat zonde of genade is. De huichelaars lasteren ook en vervolgen zulk eren van God. Daarom wordt bij niemand dit eren van God van nature gevonden. Maar zij, die door genade worden verlicht, danken er God voor, dat Hij de arme zondaars alleen uit genade godvruchtig en tot kinderen Gods maakt. Daarom verkondigen zij ook deze eer tot beschaming van alle eer, die het vlees voor Gods aangezicht wil hebben. Daarom haat hen ook de wereld met de huichelaars; maar God eert degenen, die Hem eren.”

Christenen staan onder de liefelijke heerschappij van de genade en hebben vrede met God door hun Heere Jezus Christus. „Zij weten maar al te goed, dat zij, wanneer zij op zichzelf zien, verloren en verdoemde zondaren zijn. Zij hebben hun gerechtigheid niet in zichzelf; zij zien echter Christus aan, en terstond vervliegen al hun zonden in een niets. Slechts het ware geloof moet er zijn, dat Christus’ gerechtigheid niet voor een halve gerechtigheid kan houden.”

„Het gehele leven van de Christenen is kruis, voornamelijk echter het leven van hen, die het Evangelie prediken. Christus is niet zonder kruis verheerlijkt, en daarom zal ook de christen zonder kruis niet tot de heerlijkheid ingaan. De smaad van de wereld moeten zij dragen, die de eer van God verkondigen. Maar de eer van God, of wat hetzelfde is, Jezus Christus verkondigen, dat is: de Kerk bouwen.”