Een overzicht.

Al-Qaida
Sinds de bekentenissen van de in Indonesië gevangen genomen en aan de Verenigde Staten uitgeleverde Koeweiti Omar al-Faruq, bestaan er sterke aanwijzingen dat al-Qaida een brug heeft geslagen naar de Indonesische archipel. Onlangs maakte Time Magazine op basis van uitgelekte CIA-rapporten bekend dat Omar al-Faruq in opdracht van a–Qaida zich in Indonesië had gevestigd, waar hij in samenwerking met de Jemaah Islamiah terreuraanslagen beraamde.

Jemaah Islamiah
De meeste verdenkingen concentreren zich op de organisatie Jemaah Islamiah (JI) onder leiding van de in centraal Java gevestigde religieuze leider Abu Bakar Bashir. JI wordt al langer verdacht van het beramen van terreuraanslagen op westerse ambassades in Jakarta, Singapore en Kuala Lumpur. Een explosie in september in de buurt van een gebouw van de Amerikaanse diplomatieke dienst in Jakarta is ook in verband gebracht met JI. Zowel de Verenigde Staten als buurlanden in de regio hebben er bij Jakarta op aangedrongen Abu Bakar Bashir te arresteren. De regering heeft dat geweigerd, omdat ze geen bewijzen zegt te hebben tegen hem. Abu Bakar Bashir ontkent het bestaan van JI. Evenmin zegt hij banden de onderhouden met al-Qaida.

Laskar Jihad
Onder leiding van de Jafar Umar Thalib staan de milities van Laskar Jihad vooral bekend om hun betrokkenheid bij de strijd tegen christenen in de Molukken sinds 2000. Ook zijn strijders van de Laskar Jihad betrokken bij conflicten in centraal Sulawesi. Recentelijk worden groeiende aantallen strijders gesignaleerd in de oosterse provincie Papoea. Verschillende bomaanslagen in de Molukken en Poso worden aan Laskar Jihad toegeschreven. Jafar Umar Thalib erkent ontmoetingen te hebben gehad met Osama bin Laden, maar ontkent banden met diens terreurnetwerk al-Qaida te hebben.

FPI
Het Islamitische Verdedigings Front (FPI) stelt zich op als de hoeder van de waarden van de islam door nachtclubs en gokhuizen te bestormen. Doorgaans slaat een groep met bamboestokken uitgeruste jongeren het interieur van de etablissementen kort en klein. Nadat het FPI eind september opnieuw een dergelijke bestorming deed, zijn voor het eerst acht leden door de politie opgepakt. Het FPI organiseert tevens regelmatig massabetogingen tegen de Verenigde Staten.