Het was tijdens de formatie een „sterk omstreden onderwerp, waarover intensief gesproken is", zei Wijffels in het radioprogramma TROS–Kamerbreed. Afgesproken werd om er niets over op te schrijven in het akkoord van de coalitie, omdat de partijen beseften dat ze het hierover toch niet eens zouden worden. Bovendien werd het toekomstige beleid belangrijker gevonden dan een afrekening met het verleden.Pronk heeft zich kandidaat gesteld als voorzitter van de PvdA en daarbij gepleit voor een Irak–onderzoek. Premier Balkenende (CDA) heeft zich er steeds tegen verzet.

Wijffels vreest dat Pronk zich als partijvoorzitter zal gaan mengen in „dagelijkse politieke beslissingen". Of de kwestie „explosief is, zal de toekomst uitwijzen", zei Wijffels. Tijdens de formatie was er „stevige verdeeldheid" over.