De minister raakte diep in de problemen, onder meer wegens het ontslag van een aantal federale procureurs. Het Congres onderzoekt de ontslaggolf in de tweede helft van 2006. De acht aanklagers zouden volgens critici zijn ontslagen uit partijpolitieke overwegingen en niet omdat ze hun werk niet goed gedaan zouden hebben.Gonzales zei zondag president Bush op de hoogte te hebben gesteld van zijn beslissing. Hij vertrekt per 17 september. De minister ging niet verder op zijn aftreden in en wilde geen vragen beantwoorden. Enkele maanden geleden liet Bush nog weten het volste vertrouwen te hebben in de in opspraak geraakte Gonzales.

De president prees tijdens een korte verklaring de verdiensten van Gonzales die volgens hem „uitstekend werk" heeft verricht. Volgens een enigszins verbitterde Bush is zijn minister „onrechtvaardig" behandeld. Hij noemde het „triest dat een man zijn werk moet opgeven omdat zijn goede naam door het slijk is gehaald".

De afgelopen maanden zijn meerdere vertrouwelingen en naaste medewerkers van Bush opgestapt. Half mei kondigde de nummer twee van het ministerie van Justitie, Paul McNulty, zijn vertrek aan. Twee weken geleden liet Karl Rove, die tien jaar lang de rechterhand van Bush is geweest, weten dat hij het bijltje er bij neergooit.