De Algemene Rekenkamer constateerde destijds dat de krijgsmacht bijvoorbeeld geen idee heeft hoe groot zijn wapen- en munitievoorraden zijn. Het probleem is het gevolg van de invoering van een nieuw automatiseringssysteem, Speer. Dat systeem moet de planning en het beheer van materieel en voorraden verbeteren, maar de invoering ervan is ernstig vertraagd en de kosten ervan zijn fors opgelopen.Van Middelkoop betoogde woensdag in de Kamer dat de problemen bij zijn departement voor een deel het gevolg zijn van een serie reorganisaties. „Dan betaal je op den duur de tol. Processen stagneren en kennis valt weg.” De bewindsman zei niets af te willen doen aan het onderzoek van de Rekenkamer, maar constateerde wel dat zijn eigen accountants op veel minder fouten stuiten. Hij wees erop dat Defensie al jaren investeert in maatregelen ter verbetering, maar dat die lastig beklijven.

De Kamer liet zich niet overtuigen door de minister. De fracties verweten Van Middelkoop dat hij te weinig concreet is over zijn aanpak van de fouten en dat hij zich verschuilt achter het onderzoek dat de Algemene Rekenkamer de komende twee jaar gaat uitvoeren bij Defensie.

Voorafgaand aan het debat met de Kamer maakte Van Middelkoop bekend dat Defensie vorig jaar drie pistolen, drie wapenstokken en drie lichtkogels is kwijtgeraakt, twintig magazijnen en ruim 600 patronen. Die lijst is vermoedelijk niet compleet, aldus de bewindsman. Naar alle waarschijnlijkheid zijn er nog meer wapens zoek, maar Van Middelkoop kon gisteren nog geen volledig overzicht geven.

Defensiepersoneel deed in 2006 in totaal bijna 2000 keer aangifte van diefstal en 3200 keer van vermissing bij de Koninklijke Marechaussee. Hierbij zijn nog niet de aangiftes in Afghanistan, Bosnië en het Caraïbisch gebied meegeteld. Het merendeel van de aangiftes had betrekking op privégoederen of goederen van Defensie, vaak afkomstig uit de persoonlijke uitrusting van militairen.