Mishandeling en marteling is wijdverbreid in Egyptische gevangenissen. Gedetineerden krijgen elektrische schokken toegediend, worden geslagen en worden opgehangen aan de polsen of de enkels. Gevangenisbewaarders dreigen de gedetineerden, dan wel hun verwanten, te verkrachten en te vermoorden. De processen die worden geleid door militaire rechtbanken verlopen bijzonder oneerlijk, stelt Amnesty.Amnesty veroordeelde de landen, waaronder de Verenigde Staten, die terreurverdachten naar Egypte brengen om hen daar op te sluiten. Dat de gedetineerden vervolgens worden mishandeld is volgens Amnesty te verwachten; Egypte heeft een lange en bekende geschiedenis van ernstige mensenrechtenschendingen.

Als voorbeeld beschrijft Amnesty de lotgevallen van de Egyptische geestelijke Omar. Hij claimt dat de CIA hem in Italië ontvoerde en naar Egypte bracht. In een handgeschreven verklaring stelt Omar dat hij zich moest uitkleden en werd geslagen met elektrische kabels. Ook werd sodomie gepleegd. Hij moest op een nat matras gaan liggen en werd geëlektrocuteerd. Lange periodes zat hij vast bij martelkamers en hoorde hij het geschreeuw en geklaag van de slachtoffers. Hij kreeg epilepsie-aanvallen en viel flauw.