Het NCI kampt sinds het begin van 2004 met serieuze financiële tekorten. Fondsen werden bevroren in 2004, 2005 en 2006. In 2007 werd de hoogte van de fondsen drastisch verlaagd, in 2008 zal dit opnieuw gebeuren. Verscheidene andere kankerinstituten in de Verenigde Staten lopen ook miljarden aan inkomsten mis door het torenhoge defensiebudget.The Lancet Oncology spreekt over een meedogenloze aanval van de regering–Bush op de gezondheidszorg ter compensatie van het hoogste defensiebudget aller tijden. Het tijdschrift verwijt Bush gebrek aan een toekomstplan of totale onverschilligheid ten opzichte van de Amerikaanse bevolking.