Papon werd in 1998 door het hof van assisen in Bordeaux veroordeeld tot tien jaar gevangenisstraf wegens misdaden tegen de mensheid. Dat proces plaatste niet alleen Papon, maar het gehele Vichyregime inclusief het naoorlogse Frankrijk voor het voetlicht. Papon stond terecht wegens collaboratie. Als politiechef van de prefectuur Gironde zette hij zijn handtekening onder de deportatielijsten van bijna 1600 Joden. Zij werden tussen juni 1942 en augustus 1944 op transport gesteld naar het doorgangskamp Drancy bij Parijs, om van daaruit naar Duitsland te worden afgevoerd.Na de Tweede Wereldoorlog wist Papon ongestraft promotie te maken. Dat kon onder meer doordat hij zich tegen het einde van de oorlog alsnog bij het verzet had aangesloten. Onder president Charles de Gaulle werd Papon politiechef in Parijs. In die functie was hij in 1961 verantwoordelijk voor de brute onderdrukking van Algerijns protest in Parijs. Onder president Giscard d’Estaing werd Papon minister van Begroting (1978-1981). Pas in 1981 viel het doek voor Papon. Het satirische blad Le Canard Enchaînée publiceerde toen deportatieorders die hij als hoge ambtenaar van het Vichyregime had getekend.

Na een juridische marathon van zeventien jaar stond Papon in 1998 daadwerkelijk terecht. Een van de redenen dat het zolang duurde was dat de verwerking van de oorlog in Frankrijk sowieso opvallend laat op gang kwam. Dat had ongetwijfeld te maken met de naoorlogse politieke constellatie en met de manier waarop de Fransen tegen hun land aankijken. Hun land, ”la patrie”, had alleen uit helden bestaan en niet uit verliezers. Daarbij was het een gegeven dat oud-president Mitterrand (president van 1981-1995) Papon altijd de hand boven het hoofd heeft gehouden.

Het werd een historisch proces daar in Bordeaux, omdat tal van Fransen geloofden dat de deportaties voornamelijk het werk en de verantwoordelijkheid van de bezetter waren geweest. Maar het proces en de veroordeling van Papon ondermijnden definitief die mythe en onderstreepten de eigen Franse verantwoordelijkheid. Niet Papon, maar Vichy en het naoorlogse Frankrijk werden veroordeeld.

De decoratie van het Legioen van Eer die Papon in 1961 door De Gaulle was toegekend, werd hem in 1999 afgenomen. In 1999 ging Papon daadwerkelijk de gevangenis in, nadat de Zwitserse regering hem aan Frankrijk had uitgeleverd. In 2002 gelastte een hof van beroep in Parijs zijn vrijlating omdat hij ernstig ziek zou zijn. Een jaar later kreeg hij zelfs zijn pensioen terug, dat hem bij zijn veroordeling was afgenomen, dit vanwege een wet die oude en zieke gedetineerden vervroegde invrijheidstelling toekent. Gerard Boulanger, advocaat namens de burgerpartijen tegen Papon, criticaster en schrijver van een boek over de zaak-Papon, verklaarde dat de affaire-Papon aangaf dat er in zijn land „een diepe solidariteit bestond tussen alle processen tegen misdaden tegen de mensheid.” Met andere woorden: de Franse staat heeft jaren eerlijke berechting van oorlogsmisdadigers getraineerd.

Papon heeft nooit berouw getoond over zijn daden. Integendeel, volgens hem moesten de rechters die hem hadden veroordeeld zich schamen. Hij was er trots op dat hij zijn land tijdens de oorlog zo goed had gediend. Hij was niet te vergelijken geweest, zei hij, met de Gestapobeul Klaus Barbie (chef van de Gestapo in Lyon. Barbie werd in 1983 in Bolivia door de Franse nazi-jagers Serge en Beate Klarsfeld opgespoord, opgepakt en in 1987 in Lyon tot levenslang veroordeeld wegens misdaden tegen de mensheid. Barbie overleed in 1991 in de gevangenis). Noch met de staatssecretaris tijdens het Vichybewind René Bousquet (in 1993 vermoord, kort voordat een proces tegen hem van start zou gaan) of met Paul Touvier (in 1994 tot levenslang veroordeeld, in 1996 overleden in een gevangenisziekenhuis). Na Barbie, Bousquet en Touvier, is met het overlijden van Papon het laatste symbool van Vichy verdwenen.