Na een tamelijk geruisloze weg omhoog binnen het CDA, waarvoor Van der Hoeven in 1991 Kamerlid werd, schopte ze het in 2002 tot een tweede plaats op de CDA–lijst. Opvolging van de gesneuvelde Jaap de Hoop Scheffer als fractievoorzitter had er tot haar teleurstelling niet ingezeten. In plaats van premier van het volgende kabinet, werd ze minister Van Onderwijs in de drie kabinettten–Balkenende.Haar credo luidde minder regels, meer ruimte voor de scholen. De basisvorming in de onderbouw van het voortgezet onderwijs verklaarde ze tot verleden tijd, in de bovenbouw (Tweede Fase) was het studiehuis niet langer heilig en ook voor basisscholieren lag niet meer tot in detail vast wat de leerlingen allemaal moesten weten.

Christendemocrate Van der Hoeven leek in een hoog tempo de scherpe kantjes te vijlen van onderwijsvernieuwingen die voornamelijk door sociaaldemocratische voorgangers in gang waren gezet. Maar voor het veel bekritiseerde voorbereidend middelbaar beroepsonderwijs (vmbo) stond ze pal.

Schooljuf Van der Hoeven moest pas echt orde gaan houden in affaires die niet direct het onderwijs zelf betroffen, maar haar eigen optreden of de sfeer op het ministerie. Ze moest vol aan de bak toen uit een rapport van de Algemene Rekenkamer bleek dat topambtenaren van haar ministerie in strijd met de regels allerlei bonussen hadden opgestreken.

Het was niet de laatste kwestie waar Van der Hoeven met de schrik vrijkwam. Ze zag zich gedwongen de eindverantwoordelijkheid voor de afwikkeling van de HBO–fraude aan college Hoogervorst (Volksgezondheid) over te dragen toen bleek dat de Technische Hogeschool Rijswijk gesjoemeld had met de regels toen zij daar bestuurslid was.

Dat binnen het CDA Van der Hoevens ster gewoon bleef stralen, bleek wel toen premier Balkenende in het najaar van 2004 een tijd in het ziekenhuis lag. Vicepremier Zalm (VVD) nam weliswaar zijn taken als minister–president over, binnen de kring van CDA–ministers gold Van der Hoeven bij Balkenendes afwezigheid als primus inter pares.