In zijn eerste toespraak zei Maliki dat „wapens in de handen van de overheid moeten zijn". Hij wees op een wet die bepaalt dat de gewapende groeperingen met de strijdkrachten moeten samengaan.De Iraakse interim–regering heeft diverse malen toegezegd dat zij de sektarische milities zou ontwapenen, maar dat is nooit gebeurd. De milities hebben banden met politieke partijen, wat ontwapening tot een gevoelige zaak maakt.

De soennitische minderheid in het land heeft de sjiitische regering ervan beschuldigd toe te staan dat anti–soennitische doodseskaders actief zijn, die verantwoordelijk zouden zijn voor de dood van honderden soennieten in de omgeving van Bagdad. Maar sjiitische functionarissen ontkennen stellig dat er sprake is van dergelijke doodseskaders.