De spoorwegpolitie hield even voor half negen in de trein een 24–jarige inwoner van Almere aan, aldus de woordvoerder van het Korps landelijke politiediensten (KLPD). De man droeg een donkere winterjas, had een gebreide muts op en een zwarte tas bij zich. Hij vestigde de aandacht op zich, omdat hij schichtig om zich heen keek. De man werd woensdag nadat hij was verhoord door de politie, heengezonden. Volgens de KLPD leverden het verhoor en onderzoek van de tas geen strafbare feiten op.
De gevolgen voor het treinverkeer waren voor ProRail te overzien, aangezien de treinenloop naar Amsterdam CS niet wordt gehinderd. ProRail kreeg na een uur toestemming om weer andere treinen langs de stilgezette stoptrein te laten rijden.

De treincoupé waarin de inwoner van Almere zich bij zijn aanhouding bevond, werd ontruimd om zijn tas door een bomverkenner te laten onderzoeken. Kort voor half tien werd vastgesteld dat in de koffer van de verdachte geen explosieven zaten.

De gevolgen voor het treinverkeer waren voor ProRail te overzien, aangezien de treinenloop naar Amsterdam CS niet werd gehinderd. ProRail kreeg na een uur toestemming om treinen langs de stilgezette stoptrein te laten rijden. Weer een uur later ging ook die trein weer rijden.

Passagiers konden al die tijd de trein niet verlaten. Ze werden wel geïnformeerd over de gebeurtenissen, maar konden er niet altijd wat mee. „Er is omgeroepen dat er een verdacht pakketje was en dat iedereen zo veel mogelijk naar voren moest. Maar de trein was zo vol dat dat helemaal niet ging”, zei een reiziger.
R. Naftaniël, directeur van het Centrum Informatie en Documentatie Israël (CIDI) zat eveneens in de trein. „Ik heb begrepen dat de deuren niet werden opengedaan, omdat de afstap uit de trein te hoog was. Een krat om op te stappen of twee of vier helpende handen zouden voldoende zijn”, aldus Naftaniël.

Reizigers in de volgens hem ’bomvolle’ trein bleven rustig en reageerden laconiek. Naftaniël verbaasde zich over de gang van zaken. „In Israël worden in zo’n situatie ook omstanders weggehaald. Hier zit iedereen na twee uur nog steeds in deze drukke trein. Het lijkt volkomen onvoorbereid. Als het serieus zou zijn, waarom dendert het verkeer op de nabijgelegen snelweg dan al die tijd gewoon langs? En als het toch zo’n vaart niet loopt, waarom moet iedereen dan blijven zitten?”

Volgens de KLPD is de trein „om veiligheidsredenen” niet ontruimd. Behalve risico’s wegens de hoge uitstap stond de trein op een plek waar de passagiers niet direct verder konden worden vervoerd.

Op 1 november werd bij Amsterdam CS een internationale trein stilgezet, nadat reizigers de politie hadden gebeld over twee passagiers die zich verdacht zouden gedragen. Het tweetal had rugzakken bij zich en was gekleed in een djellaba. Later bleek dat ze tijdens de ramadan in Duitsland waren geweest en voor het Suikerfeest naar Nederland waren teruggekeerd. Ze gingen in de trein veelvuldig naar het toilet om een islamitisch reinigingsritueel uit te voeren.