De verschijning van het jaarboek 2005-2006 liep flinke vertraging op omdat het ingewikkeld bleek te zijn om de gegevens van de Nederlandse Hervormde Kerk, de Gereformeerde Kerken in Nederland en de Evangelisch Lutherse Kerk in het Koninkrijk der Nederlanden op een goede manier samen te voegen. Hoewel in het nieuwe jaarboek van de Protestantse Kerk ook de gegevens van lutherse gemeenten zijn opgenomen, bleek het niet mogelijk om het zogenoemde Dagboek van de Evangelisch-Lutherse Kerk integraal in het nieuwe PKN-jaarboek op te nemen. „Er zou een onhanteerbaar dik boekwerk ontstaan”, aldus de redactie van het dinsdag verschenen jaarboek. Er is ervoor gekozen om met een aparte uitgave van het Lutherse Dagboek te komen.Opvallend is ook dat de statistische gegevens over het geheel van de Protestantse Kerk in het nieuwe jaarboek ontbreken. Volgens de voorlichter van de kerk, R. E. Bolwijn, bleek het niet mogelijk een totaal van de cijfers te geven. „Dat heeft te maken met de invoering van een geheel nieuw ledenregistratiesysteem waartoe besloten is. Van de meeste gemeenten zijn de statistische gegevens wel opgenomen en wanneer het nieuwe ledenregistratiesysteem is ingevoerd, komen we ook weer met de landelijke cijfers.”

Omdat de kerkorde van de Protestantse Kerk op plaatselijk vlak vier soorten gemeenten onderscheidt -protestantse gemeenten, hervormde gemeenten, gereformeerde kerken en lutherse gemeenten- zijn de gegevens van die gemeenten allemaal afzonderlijk opgenomen in het jaarboek. Gemeenten die bezig zijn op plaatselijk niveau te komen tot de vorming van een gefuseerde protestantse gemeente maar dat proces nog niet formeel hebben afgerond, worden aangeduid als protestantse gemeenten in wording (i.w.). Wanneer deze gemeenten ook een hervormde wijkgemeente van bijzondere aard kennen, worden de gegevens daarvan afzonderlijk vermeld.

Wat de vermelding van het aantal leden per gemeente betreft hebben de samenstellers van het jaarboek zich gebaseerd „op de opgave van de scriba in het begin van het jaar, dan wel op gegevens van de SMRA” (het bureau dat alle ledenmutaties verwerkt, red.). In sommige gevallen is teruggegrepen op de gegevens uit het vorige jaarboek.

Omdat de ledenbestanden van hervormde gemeenten (PKN) en hersteld hervormde gemeenten in de meeste plaatsen nog niet ontvlochten zijn, zeggen de cijfers in het jaarboek in de meeste gevallen niets over de ontwikkeling van het plaatselijk kerkelijk leven sinds 1 mei 2004, de datum waarop de PKN ontstond. Op 29 april 2004 ondertekenden 55 hervormde gemeenten een ”Akte van herstel van het kerkverband van Nederlandse Hervormde Gemeenten”. Deze gemeenten vormen sinds 31 augustus 2004 officieel de Hersteld Hervormde Kerk (HHK). De gegevens van de predikanten die hadden aangegeven niet mee te willen gaan in de PKN en die daarna door de kleine synode van de Protestantse Kerk werden losgemaakt van het kerkverband, zijn niet in het jaarboek opgenomen.

In het nieuwe jaarboek zijn de gemeenten per classis alfabetisch gerangschikt. Alle classes staan in alfabetische volgorde. Omdat de Protestantse Kerk zowel protestantse -gefuseerde- classes als hervormde en gereformeerde classes kent, zijn ook daarvan de gegevens afzonderlijk opgenomen. Per 1 mei 2009 moeten alle hervormde en gereformeerde classes officieel verenigd zijn tot protestantse classes. Hervormde gemeenten, gereformeerde kerken en lutherse gemeenten blijven echter op plaatselijk niveau altijd naast elkaar bestaan. Hun zelfstandigheid is in de Protestantse Kerkorde gewaarborgd.

In het nieuwe jaarboek is de informatie over gemeenten en predikanten anders gerangschikt dan in de oude jaarboeken. Zo is er nu een alfabetisch overzicht van predikanten, beroepbare predikanten, predikanten met een bijzondere opdracht, emeritus predikanten, kerkelijk werkers en de preekconsenthouders. Onder de lijst ”beroepbare predikanten” zijn de predikanten opgenomen die „op het moment van de sluiting van gegevensverwerking geen dienstdoende predikant zijn”, aldus de leeswijzer.