De moslimorganisatie die achter de aanslagen zou zitten, Jemaah Islamiyah (JI), heeft volgens experts opleidingscentra op Mindanao. Er zouden ook nauwe banden zijn tussen JI en de Filipijnse extremistische groep MILF. Volgens verscheidene terrorisme–experts zijn de zuidelijke Filipijnen momenteel de belangrijkste uitvalsbasis van JI, vooral omdat de organisatie in Indonesië sterk wordt vervolgd. JI wordt verantwoordelijk gehouden voor talrijke aanslagen in Indonesië.De Indonesische politie heeft in verband met de aanslagen van zaterdag al 39 mensen ondervraagd. Op zeker drie plaatsen op Bali waren er dinsdag huiszoekingen. Tot nog toe zijn de opsporingsdiensten nog geen enkele hoofdverdachte op het spoor gekomen, aldus een woordvoerder van de nationale politie dinsdag tegen het persbureau Kyodo.

Eerder liet de politiechef van Bali weten dat twee mensen zijn verhoord. Volgens Made Mangku Pastika was dit zondag aangehouden tweetal niet afkomstig van het overwegend hindoeïstische Bali. „Ze worden gewoon ondervraagd en er zijn tot op heden nog geen sterke indicaties dat ze betrokken waren bij de aanslagen", aldus Pastika. „Hen wordt alleen om informatie gevraagd".

Drie zelfmoordaanslagen in twee badplaatsen op het eiland hebben ten minste 22 mensen het leven gekost. Meer dan 130 gewonden moesten naar het ziekenhuis. De politie heeft met 200.000 politiemensen een grote klopjacht geopend op de daders, vermoedelijk militante moslims.

Hoewel de aanslagen niet zijn opgeëist, gaan waarnemers er vanuit dat de terreurorganisatie Jemaah Islamiyah achter het geweld zit. Deze beweging is volgens de politie ook verantwoordelijk voor de aanslagen van 2002, die 202 personen het leven kostten.

Vooral naar de leiders van het netwerk, de Maleisiërs Azahari bin Husin en Noordin M. Top, wordt nog steeds naarstig gezocht. Politiewoordvoerder Soenarko Artanto moest echter toegeven dat er nog geen bewijs is dat de twee betrokken waren bij de aanslag van zaterdag.

Australië heeft het door aanslagen getroffen Indonesische eiland Bali dinsdag 1 miljoen Australische dollar (639.000 euro) hulp gegeven. Een deel ervan is bestemd voor ziekenhuizen waar slachtoffers zijn opgenomen en voor de nabestaanden van Balinese slachtoffers. De aanslagen kostten zeker twee en mogelijk vier Australiërs het leven. In 2002 kwamen door aanslagen op Bali tientallen Australische vakantiegangers om het leven.

De Australische politie vraagt toeristen die terugkomen van hun vakantie op het Indonesische eiland Bali hun foto’s in te leveren. De vakantiekiekjes kunnen helpen bij het onderzoek naar de aanslagen. Agenten op zoek naar informatie wachten op luchthavens in het hele land de vakantiegangers uit Indonesië op, aldus de omroep ABC. Ze vragen toeristen die vlakbij de ontploffingen waren ook hun kleren in te leveren. Het textiel wordt onderworpen aan een forensisch onderzoek.