Justitie heeft tot het vervolgonderzoek besloten omdat zowel de verdediging als het OM zelf via de rechter-commissaris nog enkele getuigen wil horen.

Het onderzoek spitst zich toe op het niet melden aan de Autoriteit Financiële Markten van de transactie in aandelen Ahold terwijl Boonstra commissaris van deze onderneming was. Verder kijkt het OM naar transacties met stukken Endemol.

Het OM besloot eind april 2001 tot een strafrechtelijk onderzoek, nadat de voorloper van de Autoriteit Financiële Markten aangifte had gedaan. Boonstra zou zich schuldig hebben gemaakt aan voorkennis in aandelen Endemol. Hij kocht aandelen Endemol en verkocht de stukken enkele weken later nadat bekend was geworden dat telecombedrijf Telefonica een bod deed op Endemol, waar zijn vriendin Sylvia Tóth commissaris was. De transactie leverde Boonstra een koerswinst van ongeveer 230.000 euro op.

Later kwam daar nog de handel in stukken Ahold bij. Als commissaris van het supermarktconcern handelde Boonstra in aandelen Ahold in een periode dat dit verboden was. Ook hiervan kwam een aangifte.

Boonstra trok zich terug als commissaris bij Ahold. Later stopte hij ook als commissaris bij voedingsmiddelenconcern Sara Lee/DE. Ook gaf Boonstra aan af te zien van commissariaten bij Heineken en ABN Amro.