Marquardt beschouwde zich als een leerling van Karl Barth, Rudolf Bultmann en Helmut Gollwitzer, die hij in 1972 als hoogleraar dogmatiek opvolgde. Hij was in 1967 gepromoveerd op een proefschrift over de plaats van Israël in de theologie van Barth. Hiervoor kreeg hij in 1968 als eerste de Buber-Rosenzweig-medaille van de Duitse vereniging voor christelijk-Joodse samenwerking.

Zijn in 1972 verschenen ”Theologie und Sozialismus. Das Beispiel Karl Barths” riep in eigen land veel weerstand op, maar vond in Nederland een vruchtbare bodem. In 1974 was hij gastdocent aan de links georiënteerde theologische faculteit van de Universiteit van Amsterdam. In 1975 had hij daar hoogleraar kunnen worden, maar hij koos voor Berlijn.

Zijn zevendelige dogmatiek, waarvan de twee delen christologie ”De christelijke belijdenis van de Jood Jezus” heten, geldt als een standaardwerk in de protestantse theologie. Daarin gaat hij in op de betekenis van Auschwitz voor de christelijke theologie en voert hij de dialoog met het levende Jodendom. Volgens Marquardt kan alleen over God worden gesproken in verbondenheid met zijn volk Israël en met zijn mensen.