In de fabriek was een zogenoemde kraakgascompressor kapot gegaan, waardoor de stroom uitviel en de fabriek begon met affakkelen.

Als de stroom in een fabriek van Shell uitvalt, wordt het overtollige gasvormige product automatisch naar de fakkelinstallatie geleid, waar het veilig wordt verbrand. Doordat de fabriek nu plotseling de procedure in gang moest zetten, was de rookvorming echter groter en zwarter dan anders.

Bewoners in de regio Rijnmond zijn gewend aan rook boven Pernis, omdat bedrijven vaker affakkelen. Bij die geplande affakkeling maakt de Shell echter gebruik van stoom, zodat de rook niet zwart wordt. Ook is de rookwolk dan minder groot. Rond het middaguur was de overlast in de regio voorbij.