De hoofdverdachte is de 42-jarige Imad Yarkas, een Spanjaard van Syrische afkomst, die volgens justitie logistieke steun verleende bij de voorbereiding van de aanslagen in New York en Washington. Verscheidene verdachten die in Madrid terechtstaan hebben volgens het openbaar ministerie in de maanden voor 11 september contact gehad met de al-Qaida-cel van Mohammed Atta, die de aanslagen vanuit Hamburg voorbereidde.

Het proces tegen de Spaanse tak van al-Qaida is het resultaat van een acht jaar durend onderzoek naar moslimextremisten in Spanje dat onder leiding stond van de bekende onderzoeksrechter Baltasar Garzon. In totaal zijn 41 verdachten aangeklaagd, maar zeventien van de verdachten zijn voortvluchtig of bevinden zich in het buitenland.

De zaak gaat naar verwachting twee tot vier maanden duren en wordt uit veiligheidsoverwegingen niet in de rechtbank van Madrid gehouden, maar in een zwaar beveiligd congresgebouw. De aanklagers hebben in het vooronderzoek levenslange gevangenisstraffen geëist tegen 3 verdachten die direct betrokken zouden zijn geweest bij de voorbereiding van de aanslagen van 11 september en straffen van 9 tot 24 jaar tegen 21 andere verdachten.