Bij Philips greep Boonstra hard in om de resultaten te verbeteren. Kort na zijn aantreden als topman van Philips kondigde hij forse saneringen aan. Verliesgevende onderdelen splitste hij af. Tegelijkertijd maakte Philips, dat in die tijd meer consumentenelektronica verkocht dan nu, werk van betere marketing voor zijn producten zoals televisies. Beleggers waren enthousiast door de flinke stijging van de beurswaarde van Philips.

Voor hij aan de slag ging bij Philips vervulde Boonstra hoge leidinggevende functies bij onder meer de Zuivel Handel Maatschappij, die later overging in SRV, en consumentengoederenconcern Sara Lee. Hij begon zijn carrière bij Unilever, waar hij in zijn latere tienerjaren na het vroegtijdig verlaten van de hbs ging werken.

Het blad Management Team riep Boonstra meermaals uit tot beste bestuurder van Nederland. Dat imago liep een deuk op toen Boonstra aan het begin van deze eeuw werd beschuldigd van handel met voorkennis. De zaak draaide om een belegging in aandelen van entertainmentconcern Endemol, vlak voordat het Spaanse Telefónica een bod uitbracht op dat bedrijf. Hij werd vrijgesproken, maar kreeg wel een boete van 135.000 euro omdat hij handel in aandelen en obligaties van supermarktconcern Ahold niet had gemeld toen hij daar commissaris was.

De geboren Fries stond bekend als harde saneerder die weinig moeite had hooggeplaatste managers te ontslaan. Tegelijkertijd beklaagde hij zich meermaals over de invloed die zijn werk in de schijnwerpers had op zijn privéleven. Een dieptepunt was de ontvoering van zijn echtgenote Hansje Boonstra. Zij werd in 1998 in België gekidnapt en later zwaargewond in Nederland gevonden.