De Leidse orgelmaker Pieter Assendelft (1714-1766) maakte een aantal kleinere orgels voor schuilkerken. Het Nijmeegse instrument lijkt daarentegen als huisorgel gebouwd te zijn. Na omzwervingen in onder meer ’s Hertogenbosch en Ommeren werd het in 1966 aangekocht voor de Nijmeegse Stevenskerk. In de loop van de eeuwen onderging het orgel diverse wijzigingen en werd de orgelkast ingekort. In de jaren 1967 en 1968 restaureerde de Utrechtse firma De Koff het instrument. 

Enkele jaren geleden bleken opnieuw een restauratie nodig. Dit vormde de aanleiding voor een grondig onderzoek naar de oorspronkelijke technische aanleg, de klank en het meubel van het instrument. Op basis van een restauratierapport van Rogér van Dijk werd de restauratie door het orgelmakerscollectief Elbertse, Van Vulpen & Verschueren uitgevoerd. Dit collectief was al geselecteerd om de restauratie van het grote Königorgel van de Stevenskerk uit te voeren.

”Het was aanvankelijk de bedoeling om eerst het Königorgel te restaureren”, zegt Johan Zoutendijk, directeur van Verschueren Orgelbouw, desgevraagd. ”Later werd besloten om eerst het instrument in de Zuiderkapel van de Stevenskerk onder handen te nemen. We kregen de vraag om ook deze klus als orgelmakerscollectief op te pakken. De demontage en restauratie van het grote orgel van de Stevenskerk staat nu gepland voor 2026, 250 jaar na de totstandkoming van dit instrument.”

De betrokken orgelmakers hadden ervaring met de restauratie van Assendelftorgels in onder meer Ittervoort, Nootdorp en Sittard. Naar aanleiding van het onderzoek van het instrument in Nijmegen zijn de stijlen, panelen en deuren van de orgelkast verlengd, waarbij de proporties en afmetingen gebaseerd zijn op het nauw verwante orgel dat zich in de Margarethakerk in Ittervoort bevindt.
De frontpijpen van de middentoren werden verlengd en de tussenvelden werden gedeeld. De pijpjes in de bovenste tussenvelden werden bijgemaakt. Ontbrekend snijwerk, waaronder de consoles onder zijtorens en de bekroning bovenop de middentoren, werden door Gert van den Dikkenberg gesneden. De firma Wolters Ovink uit Deventer schilderde de orgelkast. Deze firma verzorgde ook het vergulden van de ornamenten.
De windlade werd integraal gerestaureerd. De windvoorziening is vervangen. Er werd een nieuwe meervouwige spaanbalg vervaardigd naar model van het historische exemplaar in het Keermanorgel uit Lathum. Deze blaasbalg wordt met een ventilator van wind voorzien, maar kan ook met een voetpompinstallatie gevuld worden. De windkanalen zijn nieuw vervaardigd. De registerknoppen en het nieuwe bankje werden van notenhout gemaakt. Het model van de registerknoppen is afgeleid van het historische voorbeeld in Nootdorp.
In het kader van het herstel van de toonhoogte moesten alle metalen pijpen verlengd worden. Het uit de 19e-eeuw daterende houten pijpwerk (bas Holpijp 8’ en Fluit 4’) werd vervangen door nieuw pijpwerk naar voorbeeld van andere Assendelftorgels. De Sexqualter en de Prestant 8’ (disc) werden geheel nieuw vervaardigd. Alle pijpen zijn uit orgelmetaal met een zeer hoog loodgehalte vervaardigd. Gelukkig was er nauwelijks sprake van loodoxidatie. Tenslotte zijn de frontpijpen met tinfolie bekleed en zijn de labia van de pijpen verguld met bladgoud.

In het weekeinde van 5 tot 7 april is het Assendelftorgel gepresenteerd aan het publiek.