Popovic was onder Djindjic de baas van het Bureau voor Informatie, een gezaghebbende dienst die toezicht houdt op de geheime politie en de inlichtingendienst van het leger. Volgens Popovic deden in de maanden voor de moord op Djindjic geruchten de ronde over plannen voor een aanslag. Voormalige vertrouwelingen van Slobodan Milosevic in het leger en leden van een obscure Russische inlichtingendienst zouden er achter zitten, aldus Popovic maandag tegenover B-92.

De huidige premier Kostunica was op de hoogte van die geruchten en heeft er stilzwijgend mee ingestemd, aldus Popovic. Kostunica heeft nog niet gereageerd op de beschuldiging dat hij op de hoogte was van complotten om de pro-westerse Djindjic uit de weg te ruimen. Een woordvoerder van zijn partij, Dragan Sormaz, deed de aantijgingen af als „pure leugens.”

Kort na de moord werden twee naaste medewerkers van Kostunica opgepakt op verdenking van betrokkenheid bij de voorbereiding van de moord, maar ze werden kort na hun aanhouding weer vrijgelaten. De Servische justitie heeft een groep ex-militairen en criminelen aangeklaagd voor de moord in het centrum van Belgrado.

Djindjic was een van de leiders van de oppositie tegen het bewind van Milosevic, die na een opstand in 2000 aftrad en later werd uitgeleverd aan het Joegoslaviëtribunaal in Den Haag. Na de val van Milosevic werd Djindjic de eerste democratisch gekozen premier van Servië sinds de Tweede Wereldoorlog.