Milutinovic trad in 1997 aan als president van Servië, dat toen nog deel uitmaakte van een uit elkaar vallend Joegoslavië. Kroatië, Slovenië en Bosnië en Herzegovina hadden zich al afgescheiden na bloedige oorlogen en de onrust was nog niet voorbij. De Servische nationalist Slobodan Milosevic was op dat moment de president van de Federale Republiek Joegoslavië, waarin de Serviërs domineerden. Milutinovic had dus veel minder macht dan zijn partijgenoot Milosevic.

De spanningen in Joegoslavië leidde in 1998-1999 tot een oorlog in Kosovo, waar de meerderheid etnisch Albanees was en onafhankelijk wilde worden. De Joegoslavische troepen en Servische politie hielden toen huis onder de bevolking, omdat veel Kosovaarse strijders een guerrilla-oorlog voerden en zich dus schuilhielden onder de burgers. De oorlog eindigde na ingrijpen van de NAVO, dat Servische doelen bombardeerde.

Nadat zijn presidentstermijn erop zat, gaf Milutinovic zichzelf in 2003 aan bij het Joegoslavië-Tribunaal. Hij was aangeklaagd omdat hij verantwoordelijk zou zijn voor bloedbaden en deportaties in Kosovo. De aanklagers vonden dat hij als president van Servië zeggenschap had over de troepen, de politie en het parlement. Het internationale hof ging uiteindelijk mee in de verdediging van Milutinovic dat zijn macht in feite juist heel beperkt was omdat Milosevic het laatste woord had. Milutinovic was geen sleutelfiguur.