Door de zeer lage waterstand van de rivieren is er niet voldoende water om de indringing van zout water vanuit zee tegen te houden. Het Noordzeekanaal heeft veel last van verzilting. Het kanaal mondt uit in het Amsterdam-Rijnkanaal. De waterbeheerders nemen allerlei maatregelen om te voorkomen dat er zout water in het Amsterdam-Rijnkanaal stroomt. Dit kanaal is namelijk van groot belang voor de zoetwatervoorziening in het westen van het land.

Het doorlaten van schepen door sluizen kost veel water. De sluizen die Hollands Noorderkwartier nu minder vaak opent, liggen in watergangen die in contact staan met het Noordzeekanaal. Als de sluizen aldoor in beweging zijn, komt er zout water uit het kanaal terecht in de sloten. Natuur en landbouw zouden daar ernstig onder lijden.

Bij de Zeesluis IJmuiden en de Noordersluis wordt al langer beperkt geschut tegen de verzilting. Dat zorgt voor lange wachttijden voor de beroepsvaart. Binnenkort starten werkzaamheden aan de Noordersluis. De waterbeheerders hebben dagelijks overleg met het Centraal Nautisch Beheer voor het Noordzeekanaal over de afwikkeling van het scheepvaartverkeer.