Het kerkgebouw is per 21 april 2022 overgedragen aan de burgerlijke gemeente Achtkarspelen voor langdurige opvang van vluchtelingen uit Oekraïne. In de kerk kunnen ongeveer veertig Oekraïners een plaats krijgen.

De laatste dienst werd niet in de kerkzaal gehouden, maar in de hal van de kerk. De kerkzaal wordt al omgebouwd tot vluchtelingenopvang.

De dienst in de voormalige gereformeerde kerk werd geleid door ds. H. van Tilburg (78) uit ’s-Hertogenbosch, die in 1971 in Kootstertille zijn ambtelijke loopbaan begon. Hij was ook de eerste predikant van de gereformeerde kerk in Kootstertille. De gemeente werd in 1966 vanuit de kerk te Drogeham geïnstitueerd. Ds. Van Tilburg ging ook voor in de eerste dienst in het kerkelijk centrum, in 1974.

De protestantse gemeente Kootstertille kerkt voortaan in de (voorheen hervormde) Benedictuskerk.