1989-1994 : In het derde kabinet Lubbers (1989-1994) doen de PvdA-bewindslieden op Onderwijs voorstellen om de kerndoelen in het basis- en voortgezet onderwijs nader in te kleuren. De christelijke fracties moeten ruimte bevechten voor degenen die het met sommige doelstellingen niet eens zijn. De fracties vinden dat de regeringsvoorstellen in strijd zijn met de vrijheid van onderwijs. De scholen mogen nu op onderdelen eigen doelen formuleren.

In die periode komt ook de Wet educatie en beroepsonderwijs tot stand, waarbij het middelbaar beroepsonderwijs en de volwasseneneducatie per regio moeten gaan samenwerken. Voor identiteitsgebonden onderwijs is in dat concept geen ruimte. Voor het reformatorisch en het gereformeerd onderwijs wordt na een heftig debat een uitzonderingspositie in de wet vastgelegd.

1995, december : Minister Dijkstal van Binnenlandse Zaken vraagt zich in het weekblad Elsevier af of de formulering van artikel 23 nog wel bij de tijd is, omdat het CDA met een beroep op het artikel de overdracht van de schoolgebouwen van het Rijk aan de gemeenten wil blokkeren. CDA-fractievoorzitter Heerma roept Dijkstal naar de Kamer, maar krijgt vervolgens zijn collega’s van PvdA, VVD en D66 over zich heen omdat zijn partij artikel 23 volgens VVD-leider Bolkestein al jaren misbruikt. Uiteindelijk stemt het CDA tegen de decentralisatie van de schoolgebouwen. De kleine christelijke fracties stemmen voor. Overigens stelt staatssecretaris Netelenbos van Onderwijs (PvdA) net na haar aantreden in 1994 dat paars niet wil morrelen aan de vrijheid van onderwijs.

1998, februari : D66 presenteert enkele maanden voor de verkiezingen de nota ”Schoolslag”. Daarin staat dat de democraten de vrijheid van onderwijs op drie punten willen aanpassen. In de eerste plaats moet de samenwerkingsschool mogelijk worden. Ten tweede moeten ouders het recht krijgen de identiteit van de school te bepalen en niet het bestuur. In de derde plaats moet de helft van het schoolbestuur bestaan uit ouders. Die hoeven niet de grondslag van de school te onderschrijven, respectering is volgens het D66-kamerlid mevrouw Lambrechts voldoende.

2000, september : D66-kamerlid Lambrechts zegt dat het bijzonder onderwijs niet langer het recht moet krijgen om leerlingen te weigeren. De vrijheid van ouders om de school te kiezen die zij voor hun kind het beste achten, gaat voor haar boven het recht van de bijzondere scholen om kinderen te weigeren. Premier Kok en staatssecretaris Adelmund van Onderwijs nemen afstand van de opvattingen van D66. Volgens Adelmund is de vrijheid van onderwijs in 1917 totstandgekomen in ruil voor het algemeen kiesrecht. „Ik wil nooit meer terug naar de situatie waarin vrouwen niet zouden mogen stemmen”, aldus de bewindsvrouw.

2000, november : Het partijcongres van D66 spreekt uit dat het „logisch” is om op termijn artikel 23 af te schaffen. Eens per vier jaar moeten de ouders zich uitspreken over de grondslag van de school. Op dat moment zijn de ouders de dragers van de vrijheid van onderwijs. Daardoor zal artikel 23 op termijn zijn betekenis verliezen. Het ligt dan voor de hand het artikel af te schaffen.

2001, april : De Tweede Kamer bespreekt een notitie van staatssecretaris Adelmund van Onderwijs over medezeggenschap. Daarin staat dat scholen ouders die de grondslag van de school respecteren niet uit medezeggenschapsraden en schoolbesturen mogen weren. De protestantse fracties zijn daar fel tegen. Het is niet alleen strijdig met de Grondwet, maar ook met het verenigingsrecht. Besturen mogen van leden en toekomstige bestuurders namelijk onderschrijving van de grondslag vragen. Adelmund belooft daarop met een brief te komen waarin ze ingaat op de spanning tussen haar voorstel en het grondwetsartikel. Die is echter nooit gekomen. Ze zou daar op ingaan bij de wet zelf. Die ligt momenteel bij de Raad van State en het is uitgesloten dat die nog deze kabinetsperiode wordt behandeld.

2001, november : Het GroenLinks-kamerlid Rabbae stelt in deze krant voor artikel 23 van de Grondwet danig te wijzigen: de Onderwijsinspectie moet de methodes voorschrijven; scholen mogen leerlingen niet weigeren en ouders die de grondslag van de school respecteren, moeten in het bestuur kunnen.

2001, december : De Tweede Kamer bespreekt het wetsvoorstel over het schooltoezicht. De christelijke fracties vinden dat de inspectie artikel 23 aantast als ze naast de deugdelijkheid van het onderwijs ook het pedagogisch en didactisch klimaat op de scholen gaat toetsen. De christelijke partijen steunen de wet toch, nadat is vastgelegd dat de scholen in eerste instantie zelf en onderling hun kwaliteit gaan toetsen.

2001, december : D66 dient een voorstel in om bijzondere scholen voor speciaal onderwijs (voor moeilijk opvoedbare kinderen, voor lichamelijk en voor verstandelijk gehandicapten) te dwingen alle leerlingen, dus ook niet-christelijke, toe te laten. Aanvankelijk steunden PvdA en VVD dit voorstel, maar zij trokken hun steun net voor de stemmingen in.

2002, februari : De Tweede Kamer aanvaardt een wetsvoorstel dat de weg baant voor een wijziging in de Grondwet zodat een samenwerkingsschool mogelijk wordt. De christelijke fracties stemmen tegen, omdat ze vinden dat de wet het hart van het duale bestel van openbaar en bijzonder onderwijs aantast.

2002, februari : D66-leider De Graaf zegt voor de televisie dat hij de vrijheid van onderwijs voor bijzondere scholen wil inperken. De bijzondere scholen moeten alle leerlingen die zich aanmelden toelaten. Ook de benoemingsvrijheid moet aan banden. Het is volgens de democraat „belachelijk” dat scholen homoseksuele of ongetrouwd samenwonende leerkrachten kunnen weigeren.

2002, maart : Minister De Vries van Binnenlandse Zaken (PvdA) zegt in de Eerste Kamer tijdens de behandeling van de wet die de weg baant voor een grondwetswijziging om de samenwerkingsschool mogelijk te maken, dat de discussie over de vrijheid van onderwijs „in volle hevigheid” gevoerd moet worden.

2002, april : Minister Van Boxtel van Grotesteden- en Integratiebeleid, lid van D66, pleit voor afschaffing van het grondwetsartikel dat de vrijheid van onderwijs regelt: „Schaf religieus gebonden onderwijs af. Schrap artikel 23 van de Grondwet over vrijheid van onderwijs en zorg dat er voor iedereen goed openbaar onderwijs is. Op de bijbelschool of de koranschool geef je dan als je wilt onderwijs in de religie. Zoals we de zondagsschool kennen. Veel plezier ermee, maar het is tijd voor de ontnuchtering van het onderwijs.”