De kerk is verbouwd tijdens de tweede lockdown. In de vernieuwde Herengrachtkerk zijn historische elementen gecombineerd met moderne. Tegelijkertijd zijn er andere veranderingen doorgevoerd. Vanaf 9 oktober staan de deuren van het kerkgebouw ook doordeweeks open voor bezoekers, de ene week op dinsdag- en de andere op donderdagmorgen. Die ochtenden starten met een ochtendgebed.

Vanaf 13 oktober zijn er weer midweekse vespers. Die worden georganiseerd door de gemeente van de Herengrachtkerk in samenwerking met de Marekerk, de Opstandingskerk en de Nederlands gereformeerde kerk te Oegstgeest. De gemeente telt ongeveer 350 leden, uit Leiden, Leiderdorp, Voorschoten en Zoeterwoude.

Het kerkgebouw is in de laatste helft van de negentiende eeuw gebouwd op de plek die bij de stadsuitbreiding van 1659 bij Leiden werd gevoegd. Langs de Herengracht, die toen gegraven werd, kwamen woonhuizen. De kerk staat op de plaats van drie woningen, waarvan er twee aan het begin van de negentiende eeuw al waren vervangen door één pakhuis.