Het nationale wildziektencentrum Dutch Wildlife Health Centre (DWHC) in Utrecht heeft samen met de universiteit van Wageningen onderzoek gedaan naar de doodsoorzaak van de eenden. Vanaf het begin stond al vast dat de dieren niet waren gestorven aan een vorm van vogelgriep.

Botulisme bij waterdieren ontstaat als het water opwarmt. Bacteriën op de waterbodem gaan dan een giftige stof afscheiden, die tot verlammingen bij watervogels leidt. De dieren gaan dood en verspreiden de ziekte doordat de kadavers aangevreten worden. Als niet bekend is welke type botulisme is opgedoken, geldt een zwemverbod. Van botulisme type C, dat de bergeenden heeft getroffen, worden mensen niet ziek.