Het bestuur van de universiteit heeft echter gekozen voor Utrecht als nieuwe vestigingsplek van de TUK. De tijdelijke adviesraad dacht sinds het najaar van 2019 mee over de huisvesting van de universiteit. Volgens het ND noemt de adviesraad in een intern rapport waarover de krant beschikt Zwolle als „voorkeurslocatie voor toekomstbestendige huisvesting van de TU.”

Verhuizen naar Utrecht zou volgens de adviesraad grote impact hebben op studenten en personeel, onder meer vanwege het vinden van woonruimte. Bovendien zou de Theologische Universiteit daar een „nieuwkomer in een gevestigde academische omgeving van statuur” zijn en dat kon weleens „te veel gevraagd” zijn.

Het universiteitsbestuur en ook de synode van de Gereformeerde Kerken vrijgemaakt hebben echter een voorkeur voor Utrecht.