In de tuin huizen een boommarter, vleermuizen en vliegende herten (een keversoort) die beschermd worden door de Wet Natuurbescherming. Het Loo kreeg evenwel van de Provincie Gelderland een ontheffing omdat de dieren - onder meer met een vervangende nestkast voor de boommarter - door de kap niet in gevaar zouden komen. Omwonenden zijn het daar niet mee eens.

Het Loo wil de bomenrijen vervangen voor de veiligheid van bezoekers. Dat werd dringender toen een beuk tegen het entreegebouw viel en in februari 2020 nog een eik tegen een paleisvleugel.

Volgens omwonenden gebruikt Paleis Het Loo die twee bomen als ‘excuusbomen’ voor de kap. Uit een onderzoek, waarbij aan takken van bomen is getrokken, zou zijn gebleken dat de meeste bomen gewoon in goede conditie zijn en niet zomaar afbreken. Volgens omwonenden is dat onderzoek onder de pet gehouden.

De oudste bomenrijen van het tuinencomplex zijn net als het paleis zelf van eind zeventiende eeuw.