Het Generale College voor de Kerkorde geeft in een tweede deel commentaar op de voorgestelde wijzigingen. Opvallend is dat het college een punt maakt door te stellen dat het uitgangspunt van de synode, dat de kerk terug moet naar de basics, niet automatisch betekent dat de regelgeving ook eenvoudiger wordt.

Zo wordt in ”Kerk 2025” voorgesteld om de territoriale indeling van wijkgemeenten in een grotere gemeente los te laten, zodat leden zich makkelijker kunnen voegen bij een wijkgemeente van hun eigen kleur. Omdat het echter een verzwaring van de regelgeving eist dit zorgvuldig te laten verlopen, stelt het college voor om de territoriale indeling te handhaven, maar aan perforatie geen inhoudelijke eisen meer te stellen.

Ook stemt het college ermee in het mogelijk te maken dat leden zich, zonder goedkeuring van de kerkenraad, kunnen aansluiten bij een gemeente buiten hun woonplaats. De ontvangende gemeente mag echter wel voorwaarden verbinden aan de inschrijving van de nieuwe leden. Zo moet een kerkenraad kunnen voorkomen dat het karakter van de gemeente verandert door een grote toestroom van mensen van elders.

Het wordt daarnaast mogelijk dat leden van een opgeheven gemeente zich bij het landelijke kerkverband registreren als lid. Het college wijst er echter op dat het inschrijven bij een gemeente naar keuze de „hoofdregel” moet blijven.