De 63-jarige kerkleider werd van korte afstand in hoofd en borst geschoten toen hij de Buen Pastorkerk verliet na een avondmis. De daders ontkwamen op een motor. De politie verdenkt marxistische rebellen van de aanslag.

Cancino stond bekend om zijn harde kritiek op rechtse paramilitairen, linkse guerrillabewegingen en drugsbazen in het Zuid-Amerikaanse land. In februari beschuldigde hij nog enkele lokale parlementariërs ervan verkiezingscampagnes te hebben gefinancierd met drugsgeld.

Paus Johannes Paulus II heeft de moord veroordeeld. Hij sprak in Vaticaanstad van een „barbaarse moord.” Volgens de paus heeft de aartsbisschop „de prijs betaald voor zijn verheven strijd voor menslijk leven en zijn krachtige oppositie tegen elke vorm van geweld.”