Danneels was dertig jaar aartsbisschop en stond lange tijd bekend als een progressieve kracht binnen de katholieke kerk in kwesties als abortus en euthanasie. In 2010 verbleekte zijn reputatie vanwege zijn vermeende rol bij het verbergen van een pedofilieschandaal.

In dat jaar werden huiszoekingen verricht bij onder meer het aartsbisdom in Mechelen en de privéwoning van Danneels, die van tientallen misbruikzaken op de hoogte zou zijn geweest. Hij werd langdurig ondervraagd door de politie.

Danneels zei later zich niet moreel verantwoordelijk te voelen voor misbruik van kinderen door geestelijken en dat hij niet kon ingrijpen. In 2016 liet het OM weten dat alle misdrijven zijn verjaard.