Na zijn aftreden werd Timmer als commissaris toezichthouder bij Philips. De afspraak was dat hij voorzitter van de raad van commissarissen zou worden. Kort nadat hij opstapte als bestuursvoorzitter verbrak Timmer evenwel ineens alle contacten met het bedrijf.

Uit een reconstructie van eind 1997 bleek dat Boonstra tegen de leden van de raad van commissarissen had gezegd dat hij zou opstappen als Timmer voorzitter zou worden. De verhoudingen tussen Boonstra en Timmer waren dusdanig bekoeld dat de nieuwe Philips-president er niets voor voelde verantwoording af te leggen aan zijn voorganger.

De relatie tussen Boonstra en Timmer begon volgens de reconstructie van onderzoeksjournalist Marcel Metze eind 1995 al te bekoelen. Boonstra vond dat Timmer op het einde van zijn presidentschap te weinig leidinggaf en zich besluiteloos toonde. Toen Boonstra eenmaal het heft in handen kreeg, greep hij zo radicaal in dat Timmer heeft gevoeld dat „onderhuidse woede” een uitweg zocht.

In het EO-televisieprogramma ”Follow the Leader!” zegt Timmer zaterdag „dat de dingen niet zijn gelopen zoals ze hadden moeten lopen. We hadden een verschil van inzicht en ik wilde niet meer bij hem aan dezelfde tafel zitten.”

De breuk met Philips ervoer Timmer als zeer ingrijpend. „Ik heb daar enkele slapeloze nachten van gehad”, aldus Timmer. Hij zegt geen enkele behoefte te hebben aan een verzoening met Boonstra: „O nee, het heeft geen zin achteraf iets uit te praten. Wat gebeurd is, is gebeurd.”

Spijt had Timmer niet toen hij in één keer vele duizenden mensen ontsloeg. „Ik was aangeslagen, maar heb daar niet wakker van gelegen. Je moet de volgende dag weer fris zijn.” Zijn harde ingrepen in het concern leverden hem bijnamen op als Mr. Centurion, naar de saneringsoperatie die hij inzette, en Orkaan Gilbert. Timmer koesterde zijn imago van ruwe bolster. Voorzien van bretels -zijn handelsmerk-, zijn imposante gestalte en grote doortastendheid dwong hij alom respect af, zowel ex- als intern.