Tot de hervormde gemeente behoren de Grote Kerk, de Ichthuskerk en de Ontmoetingskerk. De Havenkerk heeft een gereformeerde signatuur.

De Grote Kerk behoort qua signatuur tot de Gereformeerde Bond binnen de Protestantse Kerk in Nederland. Ds. R. W. van Mourik van de Grote Kerk benadrukt dat elke wijkgemeente haar eigen identiteit behoudt. „Er verandert niets wat dat betreft. Met de Ichthuskerk is er af en toe kanselruil en dat blijft zo. Met de andere twee gemeenten is die er niet en dat wordt ook niet anders.” Hij verwijst naar de protestantse gemeente Delft, waartoe twee wijkgemeenten die een Gereformeerde Bondssignatuur hebben, behoren.

De kerkenraad van de Grote Kerk kon volgens ds. Van Mourik niet steeds „nee” blijven zeggen tegen fusie, omdat dan het gevaar dreigde van een binnenkerkelijke afscheiding. De fusie zal voor het geheel van de protestantse gemeente vooral praktisch gestalte krijgen, aldus de predikant. Hij noemt beleid op diaconaal vlak en wat betreft het kerkbeheer.