De Tweede Wereldoorlog is volgens de NS een moeilijke periode voor de spoorwegen. „De NS vindt het belangrijk dat er blijvend, ongecensureerd en ongepolijst aandacht is voor de Holocaust en de rol die de Nederlandse Spoorwegen toen gespeeld hebben”, zei president-directeur Roger van Boxtel. „Er zijn ook NS’ers door oorlogshandelingen of vanwege hun verzet om het leven gekomen. Maar dit neemt niet weg dat de rol die ons bedrijf ten aanzien van het transport van gedeporteerden tijdens de oorlog gespeeld heeft, moeilijk is om mee te leven.”

De hoogte van het bedrag dat de NS vrijmaakt voor het museum, wilde Van Boxtel niet prijsgeven. „Het is meerjarig, om te beginnen met vijf jaar echte betrokkenheid.” Het museum noemde het een „substantiële bijdrage”.

De NS moest na de capitulatie van Nederland in 1940 het gezag van de bezetter volgen. De gevolgen bleken niet te overzien. Het spoorwegbedrijf zorgde tijdens de oorlog voor extra treinritten waarmee vervolgden uit Nederland werden gedeporteerd naar onder meer Kamp Westerbork.

Het Nationaal Holocaust Museum opende in 2016 de deuren en is formeel in oprichting. In de komende jaren moet het helemaal vorm krijgen. Het bestaat uit twee locaties: de voormalige Hervormde Kweekschool, van waaruit honderden Joodse kinderen werden gered en de tegenovergelegen Hollandsche Schouwburg. Daar zaten tienduizenden joden voor hun deportatie. Het museum vertelt de complete geschiedenis van de vervolging en vernietiging van Joden in Nederland. Volgens Emile Schrijver, algemeen directeur van het Joods Cultureel Kwartier is de verwerking van de omgang met de oorlogsgeschiedenis van de NS een belangrijk onderdeel in de toekomstige permanente tentoonstelling.