Alvarez stond van 1981 tot 1985 aan het hoofd van de militaire junta die over het land heerste. Tijdens deze periode had Uruguay het grootste aantal politieke gevangenen in de wereld en stond het land bekend onder de naam ‘de martelkamer van Latijns-Amerika’. Alvarez droeg de macht in 1985 over aan het hoogste gerechtshof nadat de militairen onder druk van massale protesten hadden toegestemd in vrije verkiezingen.

De laatste dictator werd later veroordeeld tot 25 jaar cel voor de moord op 55 politieke tegenstanders. Hij zat sinds 2007 vast.