Tegen het fusiebesluit van 12 december 2003 tekenden binnen een maand ongeveer 135 hervormde kerkenraden en in totaal zo’n 4000 hervormde gemeenteleden bezwaar aan. Vanuit de Gereformeerde Kerken gingen ongeveer 40 kerkenraden in appèl.

Een gedeelte van de bezwaren richtte zich, aldus een persbericht van de SoW-kerken, tegen besluiten die eerder waren genomen ten aanzien van de kerkorde en de structuur van de toekomstige verenigde kerk. Deze zijn daarom niet opnieuw in behandeling genomen. De bezwaren tegen het verenigingsbesluit werden afgewezen. Beide rechtscolleges zijn van oordeel dat bij dit besluit de voorgeschreven procedure gevolgd is.

De generale commissie voor bezwaren en geschillen, de hoogste rechtsinstantie in de Nederlandse Hervormde Kerk, onderstreept in haar uitspraak dat het verenigingsbesluit op de juiste wijze en met de vereiste meerderheid is genomen. Ten aanzien van het bezwaar dat het verenigingsbesluit niet in overeenstemming zou zijn met de presbyteriale opbouw van de kerk, oordeelt de commissie dat de structuur van de Hervormde Kerk presbyteriaal-synodaal is. De synode kan volgens de commissie ook voor zelfstandige onderdelen bindende besluiten van kerkordelijke aard nemen. In dit verband verwijst ze ook naar het arrest van de Hoge Raad in de zogeheten kerkvoogdijzaak van december 2003.

De commissie zegt verder kennis te hebben genomen van de inspanningen van de generale synode en het moderamen om aan bezwaren tegemoet te komen, met bezwaarden in gesprek te zijn en scheuren en breuken in kerk en gemeenten te voorkomen. Met het aanvullende besluit van 12 december is volgens de commissie een verdere handreiking aan bezwaarden gedaan om hun bijzondere verbondenheid met het gereformeerde belijden nogmaals te waarborgen.

De deputaten voor appèlzaken, het hoogste gereformeerde interne rechtsorgaan, stellen onder andere dat de omzetting van een plaatselijke gereformeerde kerk in een zelfstandig onderdeel van de Protestantse Kerk gevolg is van de vaststelling van de kerkorde. Hiervoor zijn de mindere vergaderingen gehoord en is volgens deputaten geen afzonderlijke instemming van elke kerkenraad vereist. Ze constateren ook dat de synode door de genomen besluiten niet op onjuiste wijze in de bevoegdheid van de plaatselijke kerken is getreden. Ook hier geldt dat de mindere vergaderingen bij het totstandkomen van de kerkorde van de Protestantse Kerk gehoord zijn. Deputaten oordelen dat de opeenvolgende synoden de weg naar het verenigingsbesluit correct hebben bewandeld. Zij voegen aan hun uitspraak toe dat zij van mening zijn dat er te weinig aandacht is besteed aan de emotionele aspecten die voor velen in de Gereformeerde Kerken zijn verbonden aan de weg naar de vereniging. Veel gereformeerden betreuren het dat ze bij de kerkfusie hun vanouds grote plaatselijke zelfstandigheid verliezen.

De synodebesturen zeggen met dankbaarheid kennis te hebben genomen van de uitspraken van commissie en deputaten. Ze stellen vast dat er geen belemmeringen zijn om de verenigingsbesluiten van december te effectueren. Ook roepen zij bezwaarden op „zich niet los te maken van hen waarmee zij zich altijd verbonden hebben geweten, hun plaats in de Protestantse Kerk in te nemen en het gesprek over Schrift en belijden in de verenigde kerk te zoeken.”

Tientallen hervormde (wijk)kerkenraden hebben de hervormde synode schriftelijk meegedeeld niet te willen meegaan in de PKN. Tot nu toe acht gereformeerde kerken hebben aangegeven buiten de verenigde kerk te blijven.