Ondanks het uitgaansverbod was ook dinsdagavond en in de nacht van dinsdag op woensdag geweervuur te horen. Woensdag in de loop van de dag werd het rustiger in Ambon-Stad, de hoofdstad van de provincie Molukken. Politiemensen en militairen patrouilleerden in de straten.

Een hoge delegatie uit Jakarta, onder aanvoering van minister Hari Sabarno van Veiligheidszaken, voerde woensdag op de luchthaven van Ambon overleg met Molukse provinciale functionarissen en lokale leiders. Het is niet duidelijk wat het beraad heeft opgeleverd.

Het Indonesische persbureau Antara meldde woensdag dat 32 aanhangers van de Republiek der Zuid-Molukken (RMS) zijn aangehouden. De gevechten tussen christenen en moslims begonnen na een demonstratie van RMS-aanhangers. Getuigen hebben verklaard dat de politie niet ingreep toen de schermutselingen uit de hand dreigden te lopen.

De Indonesische autoriteiten zijn nog bezig met een onderzoek naar de oorzaak van de uitbarsting van geweld op zondag. Het is de bloedigste uitbraak van godsdienstig geweld sinds een vredesakkoord in 2002 een eind maakte aan twee jaar van religieuze conflicten die meer dan 9000 mensen het leven hebben gekost.

Sinds zondag zijn zeker tweehonderd huizen en gebouwen vernield, waaronder een gebouw van de Verenigde Naties en een kerk.