Seselj gaf zich begin 2003 over aan het tribunaal, dat hem beschuldigde van misdaden tegen de menselijkheid en oorlogsmisdaden. De ultranationalistische politicus zou in de jaren negentig in de bloedige strijd in vooral Bosnië-Herzegovina tijdens het uiteenvallen van Joegoslavië een cruciale rol hebben gespeeld bij de etnische zuiveringen en slachtpartijen gericht tegen niet-Serviërs. Uiteindelijk achtte het hof dit niet bewezen.

Seselj is in november 2014 om gezondheidsredenen teruggestuurd naar Servië. Hij hoopt dat zijn Servische Radicale Partij bij de verkiezingen deze maand de derde partij van het land wordt.